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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 基础操作求助
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li97358659

银虫 (初入文坛)

[求助] 基础操作求助 已有2人参与

在用DS做Libdock时，为什么别人打开的蛋白结构是图一那样的，我打开的却是图二那样的啊？这样会影响分子对接的结果吗？

基础操作求助
图一


基础操作求助-1
图二
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1楼 2017-03-20 11:18:05
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hclwonder

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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哎，这是分子显示的设置不同，人家那个是ribbon style，你这是全原子显示。都是可以通过设置调整的。

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li97358659
2楼2017-03-20 11:33:40
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li97358659

银虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-20 11:33:40
哎，这是分子显示的设置不同，人家那个是ribbon style，你这是全原子显示。都是可以通过设置调整的。

好的 ，谢谢。
我还想问一下我ChemDrow画的结构式以什么格式保存才能在DS里面识别啊？
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3楼2017-03-20 13:17:30
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by li97358659 at 2017-03-20 13:17:30
好的 ，谢谢。
我还想问一下我ChemDrow画的结构式以什么格式保存才能在DS里面识别啊？...

自己画的小分子？建议保存mol2格式，或者mol、sdf也可以。

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li97358659
4楼2017-03-20 14:07:18
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li97358659

银虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-20 14:07:18
自己画的小分子？建议保存mol2格式，或者mol、sdf也可以。
...

我看教程里面导入小分子时每次都是导入一组，我怎么才能把好几个小分子结构放到一组里面啊？因为我用ChemDrow画的都是一个文件只有一个小分子。
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5楼2017-03-20 14:23:54
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by li97358659 at 2017-03-20 14:23:54
我看教程里面导入小分子时每次都是导入一组，我怎么才能把好几个小分子结构放到一组里面啊？因为我用ChemDrow画的都是一个文件只有一个小分子。...

保存sdf格式，然后用notepad＋＋打开，全选、复制，把所有单个分子的sdf内容都保存到一个总的sdf文件。你试下？

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6楼2017-03-20 15:03:18
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by li97358659 at 2017-03-20 14:23:54
我看教程里面导入小分子时每次都是导入一组，我怎么才能把好几个小分子结构放到一组里面啊？因为我用ChemDrow画的都是一个文件只有一个小分子。...

chemdraw我不熟，刚试了一下，好像可以画多个分子，然后保存sdf格式，用ds打开就是一组的。

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7楼2017-03-20 17:06:42
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li97358659

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-20 17:06:42
chemdraw我不熟，刚试了一下，好像可以画多个分子，然后保存sdf格式，用ds打开就是一组的。
...

嗯嗯，我等下试一下。
那直接打开就可以用来做LibDock对接么，还是说需要在进行怎么处理？
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8楼2017-03-20 17:12:26
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changjun

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
8楼: Originally posted by li97358659 at 2017-03-20 17:12:26
嗯嗯，我等下试一下。
那直接打开就可以用来做LibDock对接么，还是说需要在进行怎么处理？...

LIgand Prepare，对接前这样处理配体，参数设置配体时要选All，另外你还要处理蛋白。最后才能对接。

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天然产物、药物开发
9楼2017-03-21 06:18:19
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