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liuxiaocunde

铁杆木虫 (著名写手)

古德里安将军

[交流] 【交流】过渡态

我最近想尝试使用GAUSSIAN来进行反应的过渡态计算,可是之前从未接触过GAUSSIAN,最近掌握了一些最基础的东西,虫子们有哪位做的好的,能不能指导一下,我接下来该怎么做呢?
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新征途
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hbinjm

木虫 (著名写手)

小柔的爸

★ ★
jghe(金币+2,VIP+0):感谢你参与讨论!
推荐你一片08年最新的文献:
del Campo JM, Koster AM. A hierarchical transition state search algorithm. Journal of Chemical Physics, 2008, 129(2): 12.
文献后面有96篇参考文献,值得仔细研究
2楼2008-12-27 02:05:05
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0312103899

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
jghe(金币+2,VIP+0):感谢你参与讨论!
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-15 16:36
论坛上有些GAUSSIAN说明书,你搜搜看看,有帮助。具体来说有两种方法优化构型。一种在linux并行机组中计算,另一种就是在win下计算。它们两种只是方式的不同,以及词头格式的不同,运算速度没什么差异。
首先就是用gaussview(win模式下,或者molden(linux模式下)软件建立构型。只要键角键长原子数没有差错,输入机子就可进行计算。
3楼2008-12-28 20:36:20
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
先学用高斯怎样做优化。
4楼2008-12-29 08:25:58
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09810025

铁虫 (正式写手)

求助过渡态搜索,纯新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我对于量子化学基本不懂,最近刚接触,想进行过渡态搜索。
请问用hyperchem建立构型后,输出文件用gs打开后还有些什么操作。
我画好后输入gs,我看到论坛上面 输入#MP2/6-311G** opt=qst2 freq是什么意思。
最好详细一点,qst2 和qst3 都不是很明白。
5楼2009-10-14 09:25:35
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-25 11:49
引用回帖:
Originally posted by 09810025 at 2009-10-14 09:25:
我对于量子化学基本不懂,最近刚接触,想进行过渡态搜索。
请问用hyperchem建立构型后,输出文件用gs打开后还有些什么操作。
我画好后输入gs,我看到论坛上面 输入#MP2/6-311G** opt=qst2 freq是什么意思。
最 ...

看您这还真是无畏啊
什么问题都能问
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1405684
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146
6楼2009-10-14 10:35:33
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majun04

木虫 (著名写手)

majun

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-25 11:49
“我最近想尝试使用GAUSSIAN来进行反应的过渡态计算,可是之前从未接触过GAUSSIAN,最近掌握了一些最基础的东西,”

先尝试以下exploring书上的例题,自己先看一下过渡态是什么样子,怎么算出来的,输出结果都有什么信息。
然后到网上搜一下文献,看那些个专门计算反应路径的文章,很多,基本上每篇这样的文章都是讨论过渡态、能垒,以及前线轨道,然后给出最优反应路径的。这样的文章一般有“Supporting Info”,这个部分会给出具体的过渡态的结构,你也可以尝试着重复人家的文献。慢慢的就摸索出门道了。
乐观、执着、勤奋
7楼2009-10-14 22:56:05
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wh-32290

铁虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 10-15 16:37
qst2是通过反应物和产物由软件计算过渡态
qst3是给出反应物和产物及猜想过渡态进行计算
8楼2009-10-15 01:19:41
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09810025

铁虫 (正式写手)

谢谢,还在摸索中


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
最近正在学习那本exploring chemistry...
很奇怪的是那里有些exercise在gs里面计算的时候竟然link died。可是换了台电脑好像又可以了重复几次都是一样的,如3-07.
不过现在对概念熟悉了很多,感谢小木虫
9楼2009-10-24 21:08:14
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467266420

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-30 20:37
看下小木虫的这个链接三
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1491020&fpage=1
好东西啊!
10楼2009-10-30 18:53:28
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