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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】模拟分子的分解
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jjf_sxnu

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】模拟分子的分解

小弟有一个问题，想模拟一个分子（大根有120个原子）在加热到多少K的时候会分解，请问用什么软件，怎么可以实现，越详细越好，小弟我以前从未接触过分子动力学，所以是个菜鸟。

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-11 at 15:57 ]
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1楼 2008-12-24 10:30:38
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
yyx19840628(金币+3,VIP+0):谢谢交流
凡是涉及到化学反应的问题都要用量子力学的方法解决，分子动力学是基于分子力学的模拟非键过程体系运动的方式，肯定是不适合你的问题的
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2008-12-24 12:50:43
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
★ ★ ★
yyx19840628(金币+3,VIP+0):谢谢交流
偶认为用高斯的MD就可以
不过你的计算机性能要足够好
找到分子分解时候的过渡态
看他的能量有多高
一般20个千卡左右表示常温就可以反应也就是25摄氏度，超过20 ，每增加5个千卡好像是升温20度（有具体的换算方式，既不清楚了）
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3楼2008-12-24 14:52:23
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jjf_sxnu

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2008-12-24 12:50:
凡是涉及到化学反应的问题都要用量子力学的方法解决，分子动力学是基于分子力学的模拟非键过程体系运动的方式，肯定是不适合你的问题的

我也是看了一篇文献才有这个想法的，就是用分子动力学实现的。  J. Computaional Chemistry .   vol. 24, No. 8  page 948
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4楼2008-12-24 15:05:42
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Ben9908

银虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 鼓励新人 圣诞快乐
我认为动力学模拟可以，时间步长大一点
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5楼2008-12-24 16:08:08
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
jghe(金币+1,VIP+0):感谢你参与讨论！
如果有了处理键的生成和断裂过程的力场，模拟化学反应也没有问题。但通用力场好像没有处理这个的。
有个叫分子反应动力学的东东，听说过没碰过
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6楼2008-12-28 12:55:41
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jjf_sxnu

铜虫 (正式写手)
不知道第一性原理动力学能不能解决这个问题？
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7楼2008-12-28 15:50:02
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
用高斯做从头算分子动力学。
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8楼2008-12-29 08:30:34
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
比如最近我了解到的DELPHI实验室的一个牛人 就算了一个单个氧分子的解离得到两体势 也就是有了力场 那么将这个两体势 加上 分子与分子之间的两体势 如LJ势 自然可以模拟你这个过程 也就是说经典的分子动力学可以做到
问题的关键是像这样的两体势很难得到 要做大量计算 而且结构复杂的话就基本不可能了 建议还是用第一原理的分子动力学吧
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9楼2008-12-29 10:12:42
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