| 查看: 8786 | 回复: 17 | |||
zhangfrank金虫 (正式写手)
|
[求助]
【求助】关于单层MOS2吸附非金属元素体系的范德瓦尔斯计算 已有2人参与
|
||
|
如题， 1. 关于单层MOS2吸附非金属元素体系（比如O）的体系，一定要加范德瓦尔斯计算么 2. 如果一定要加，manul中很多种类，如下，对我的体系，要选哪个情况呢？ 我的版本是vasp.5.4.1.24Jun15 IVDW=0 no correction IVDW=1 ## DFT-D2 method of Grimme (available as of VASP.5.2.11) IVDW=11 ## zero damping DFT-D3 method of Grimme (available as of VASP.5.3.4) IVDW=12 ## DFT-D3 method with Becke-Jonson damping (available as of VASP.5.3.4) IVDW=2 ## Tkatchenko-Scheffler method (available as of VASP.5.3.3) IVDW=21 ## Tkatchenko-Scheffler method with iterative Hirshfeld partitioning (available as of VASP.5.3.5) IVDW=202 ##Many-body dispersion energy method (MBD@rSC) (available as of VASP.5.4.1) IVDW=4 ## dDsC dispersion correction method (available as of VASP.5.4.1) All methods listed above add vdW correction to potential energy, interatomic forces, as well as stress tensor and hence simulations such as atomic and lattice relaxations, molecular dynamics, and vibrational analysis (via finite differences) can be performed. Note, however, that these correction schemes are currently not available for calculations based on density functional perturbation theory. 3. DFT-vdW 跟DFT-D2就是一回事么？ 上面列出了的DFT-D2 DFT-D3 DFT-TS 等有什么区别 （看manul已经看晕了） 4. 选定好某种vdw泛函后，POTCAR文件是否可以依旧使用之前用的PBE version POTCAR？ 5. vdW-DF，optPBE-vdW，optB88-vdW ，optB86b-vdW，vdW-DF2 ， 是一种什么样的泛函？分别用于什么体系的范德瓦斯修正呢？ 6. 以DFT-D2为例，manual里面给的这些参数都要进行设置出来么？哪些是必须要有哪些是可以缺省的呢？ VDW_RADIUS = 50.0 VDW_S6 = 0.75 VDW_SR = 1.00 VDW_SCALING =0.75 VDW_D = 20.0 VDW_C6 = [real array] VDW_R0 = [real array] LVDW_EWALD = .FALSE.$ \vert$.TRUE. 特别的，VDW_RADIUS = 50.0 这个参数到底要怎么设置呢？我看帖子里有人甚至都有用10 20 30 真心来交流，欢迎大家来指点，金币不够可以追加。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一性原理计算-tg |
» 猜你喜欢
NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗
已经有14人回复
-
材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐
已经有6人回复
-
化学调剂0703
已经有7人回复
-
327求调剂
已经有11人回复
-
调剂
已经有8人回复
-
梁成伟老师课题组欢迎你的加入
已经有7人回复
-
伙伴们，祝我生日快乐吧
已经有24人回复
-
中科院材料273求调剂
已经有3人回复
-
材料工程专硕274一志愿211求调剂
已经有5人回复
-
本人考085602 化学工程 专硕
已经有8人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangfrank(蛋蛋小童鞋代发): 金币+5, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2017-03-02 10:39:33
zhangfrank: 金币+10, ★★★很有帮助 2017-03-02 14:44:27
感谢参与，应助指数 +1
zhangfrank(蛋蛋小童鞋代发): 金币+5, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2017-03-02 10:39:33
zhangfrank: 金币+10, ★★★很有帮助 2017-03-02 14:44:27
|
如题， 1. 关于单层MOS2吸附非金属元素体系（比如O）的体系，一定要加范德瓦尔斯计算么 给你篇文献自己看： Magnetic properties of nonmetal atoms absorbed MoS[sub 2] monolayers 2. 如果一定要加，manul中很多种类，如下，对我的体系，要选哪个情况呢？ 我的版本是vasp.5.4.1.24Jun15 IVDW=0 no correction IVDW=1 ## DFT-D2 method of Grimme (available as of VASP.5.2.11) IVDW=11 ## zero damping DFT-D3 method of Grimme (available as of VASP.5.3.4) IVDW=12 ## DFT-D3 method with Becke-Jonson damping (available as of VASP.5.3.4) IVDW=2 ## Tkatchenko-Scheffler method (available as of VASP.5.3.3) IVDW=21 ## Tkatchenko-Scheffler method with iterative Hirshfeld partitioning (available as of VASP.5.3.5) IVDW=202 ##Many-body dispersion energy method (MBD@rSC) (available as of VASP.5.4.1) IVDW=4 ## dDsC dispersion correction method (available as of VASP.5.4.1) All methods listed above add vdW correction to potential energy, interatomic forces, as well as stress tensor and hence simulations such as atomic and lattice relaxations, molecular dynamics, and vibrational analysis (via finite differences) can be performed. Note, however, that these correction schemes are currently not available for calculations based on density functional perturbation theory. 这个要看你自己爱好了，我一般都是D3, opt86 88 3. DFT-vdW 跟DFT-D2就是一回事么？ 上面列出了的DFT-D2 DFT-D3 DFT-TS 等有什么区别 （看manul已经看晕了） TS不太建议，就D3吧 4. 选定好某种vdw泛函后，POTCAR文件是否可以依旧使用之前用的PBE version POTCAR？ Grimme方法，opt86 88都是一样的，其余的我不确定 5. vdW-DF，optPBE-vdW，optB88-vdW ，optB86b-vdW，vdW-DF2 ， 是一种什么样的泛函？分别用于什么体系的范德瓦斯修正呢？ 还是给你几篇文章吧 DOI: 10.1002/jcc.20495 10.1002/jcc.20570 10.1021/jp106469x 10.1088/0953-8984/23/39/395001 10.1021/ct200625h 6. 以DFT-D2为例，manual里面给的这些参数都要进行设置出来么？哪些是必须要有哪些是可以缺省的呢？ VDW_RADIUS = 50.0 VDW_S6 = 0.75 VDW_SR = 1.00 VDW_SCALING =0.75 VDW_D = 20.0 VDW_C6 = [real array] VDW_R0 = [real array] LVDW_EWALD = .FALSE.$ \vert$.TRUE. 特别的，VDW_RADIUS = 50.0 这个参数到底要怎么设置呢？我看帖子里有人甚至都有用10 20 30 默认就行，除非特殊情况 真心来交流，欢迎大家来指点，金币不够可以追加。 金币自己留着吧 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
3楼2017-03-02 09:52:29
valenhou001
至尊木虫 (职业作家)
- 1ST强帖: 13
- 应助: 241 (大学生)
- 金币: 25701.7
- 散金: 602
- 红花: 166
- 帖子: 3782
- 在线: 873.8小时
- 虫号: 1007127
- 注册: 2010-04-27
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangfrank(蛋蛋小童鞋代发): 金币+5, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2017-03-02 08:41:10
zhangfrank: 金币+10, ★★★很有帮助 2017-03-02 14:44:15
感谢参与，应助指数 +1
zhangfrank(蛋蛋小童鞋代发): 金币+5, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2017-03-02 08:41:10
zhangfrank: 金币+10, ★★★很有帮助 2017-03-02 14:44:15
|
先参考我在下面的帖子里的回帖吧： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=11094344&authorid=1007127 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
2楼2017-03-02 08:02:19
zhangfrank
金虫 (正式写手)
- 应助: 178 (高中生)
- 金币: 660.2
- 散金: 226
- 红花: 53
- 帖子: 891
- 在线: 344.5小时
- 虫号: 2679423
- 注册: 2013-09-25
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
8楼2017-03-02 19:09:06
zhangfrank
金虫 (正式写手)
- 应助: 178 (高中生)
- 金币: 660.2
- 散金: 226
- 红花: 53
- 帖子: 891
- 在线: 344.5小时
- 虫号: 2679423
- 注册: 2013-09-25
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
送红花一朵 |
谢谢侯老师，找到了您的回贴。看完之后明白了一些，但是依然有一些疑问。 为了方便其他同学查看，我把您的回复复制引用过来： “vdW-DF修正的设置与IVDW无关。 首先你要明白有两大类的范德华斯作用修正，1）基于半经验的，包括了D2, D3, D3-BJ, TS, TS+SCS等等，这些都是在常用的交换关联泛函比如PBE的基础上，考虑色散力的作用，在PBE计算出来的总能基础上增加了额外半经验项，这一项需要设置一些参数，至于是哪种半经验公式，由IVDW的设置来决定，具体的参考VASP的手册。 https://cms.mpi.univie.ac.at/vas ... ection_methods.html 2）另一类就是vdW-DF，也就是修改交换关联项来考虑范德华修正。包括你所提到的optPBE-vdW, optB88-vdW, and optB86b-vdW等。 它们的设置由修改GGA赋值，以及额外相关的一些参数来设置。 这些在vasp手册上有明确的说明。 https://cms.mpi.univie.ac.at/vas ... undqvist_et_al.html” 我现在有的疑问是： 1. 我们是否有结论，IVDW赋值的几种范德瓦尔斯修正，与vdw-DF赋修改交换关联项的修正，哪种更加复合实验值，或者两种分别适用于什么体系呢？根据您的经验，我算MoS2吸附O的体系，用哪种修正更合适呢？ 2. 无论选择哪种修正，是否都可以用PBE的POTCAR？（也就是说可以跟不加修正只用PBE计算的POTCAR一样么？） 3. 我昨天提交了一个用DFT-D2的任务，INCAR中vdw部分参数如下： LVDW=.TRUE. VDW_RADIUS=30.0 VDW_SCALING=0.75 VDW_D=20.0 在OUTCAR中搜索VDW的部分显示如下，并没有找到您在上个帖子中贴的OUTCAR输出信息（20 | You have switched on vdW-DFT. ），请问这是因为用不同修正所以这部分OUTCAR文件不同么？ 另外，能否麻烦侯老师帮我看下我用DFT-D2的输出是否属于正常： 5579 DFT-D2 method for vdW energy calculation 5580 ------------------------------------------------------------------- 5581 5582 Parameters of vdW forcefield: 5583 C6(Jnm^6/mol) R0(A) 5584 ----------------------------- 5585 Mo 24.670 1.639 5586 S 5.570 1.683 5587 O 0.700 1.342 5588 5589 IVDW = 1 5590 VDW_RADIUS = 30.000 A 5591 VDW_S6 = 0.750 5592 VDW_SR = 1.000 5593 VDW_D = 20.000 5594 LVDW_EWALD = F 5595 5596 Number of pair interactions contributing to vdW energy: 67514 5597 Edisp (eV): -14.99974 5598 FORVDW: cpu time 0.0800: real time 0.0940 |
4楼2017-03-02 10:06:51
zhangfrank
金虫 (正式写手)
- 应助: 178 (高中生)
- 金币: 660.2
- 散金: 226
- 红花: 53
- 帖子: 891
- 在线: 344.5小时
- 虫号: 2679423
- 注册: 2013-09-25
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
5楼2017-03-02 10:18:54
valenhou001
至尊木虫 (职业作家)
- 1ST强帖: 13
- 应助: 241 (大学生)
- 金币: 25701.7
- 散金: 602
- 红花: 166
- 帖子: 3782
- 在线: 873.8小时
- 虫号: 1007127
- 注册: 2010-04-27
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
|
1，至于选择哪种，没办法推荐。大部分都是🌧与所研究的体系有关。或者自己以所研究的体系中一个特定例子（即一个研究的问题）测试不同修正的方法，然后选择那个最好的，再计算其他的。 2. VASP只提供了LDA， PW91和PBE的势，大部分的vdw修正采用PBE的势就可以了。用其他的势的话，需要自己优化vdw里面的参数，除非你很了解vdw修正里的各个 参数的含义的话，可以自己尝试优化这些参数，否则的，不要随便用除了PBE的势。 3. 你的输出是正常的。 vdW-DFT修正和半经验的vdw修正是非常不同的处理方法，在OUTCAR里的输出也是不同的。你找到不到vdW-DFT的输出是很正常，因为你用的是 PBE-D2修正。请仔细看一下vasp的手册。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
6楼2017-03-02 18:30:23
valenhou001
至尊木虫 (职业作家)
- 1ST强帖: 13
- 应助: 241 (大学生)
- 金币: 25701.7
- 散金: 602
- 红花: 166
- 帖子: 3782
- 在线: 873.8小时
- 虫号: 1007127
- 注册: 2010-04-27
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
|
有很多文献测试不同vdw修正对二维层状体系预测性能，你可以找找相关文献读读。 对自己体系，最好是事先测试一下不同修正方法，然后选择一个适合自己所研究的体系。没有一个vdw修正对所有的体系都非常合适的。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
7楼2017-03-02 18:36:04
zhangfrank
金虫 (正式写手)
- 应助: 178 (高中生)
- 金币: 660.2
- 散金: 226
- 红花: 53
- 帖子: 891
- 在线: 344.5小时
- 虫号: 2679423
- 注册: 2013-09-25
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
9楼2017-03-02 19:09:50
10楼2017-05-05 22:14:29
