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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】关于单层MOS2吸附非金属元素体系的范德瓦尔斯计算
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

[求助] 【求助】关于单层MOS2吸附非金属元素体系的范德瓦尔斯计算 已有2人参与

如题，
1. 关于单层MOS2吸附非金属元素体系（比如O）的体系，一定要加范德瓦尔斯计算么

2. 如果一定要加，manul中很多种类，如下，对我的体系，要选哪个情况呢？  我的版本是vasp.5.4.1.24Jun15
IVDW=0 no correction
IVDW=1     ##  DFT-D2 method of Grimme (available as of VASP.5.2.11)
IVDW=11   ## zero damping DFT-D3 method of Grimme (available as of VASP.5.3.4)
IVDW=12   ## DFT-D3 method with Becke-Jonson damping (available as of VASP.5.3.4)
IVDW=2     ## Tkatchenko-Scheffler method (available as of VASP.5.3.3)
IVDW=21   ## Tkatchenko-Scheffler method with iterative Hirshfeld partitioning (available as of VASP.5.3.5)
IVDW=202 ##Many-body dispersion energy method (MBD@rSC) (available as of VASP.5.4.1)
IVDW=4     ## dDsC dispersion correction method (available as of VASP.5.4.1)

All methods listed above add vdW correction to potential energy, interatomic forces, as well as stress tensor and hence simulations such as atomic and lattice relaxations, molecular dynamics, and vibrational analysis (via finite differences) can be performed. Note, however, that these correction schemes are currently not available for calculations based on density functional perturbation theory.

3. DFT-vdW 跟DFT-D2就是一回事么？ 上面列出了的DFT-D2 DFT-D3 DFT-TS 等有什么区别 （看manul已经看晕了）

4. 选定好某种vdw泛函后，POTCAR文件是否可以依旧使用之前用的PBE version POTCAR？

5. vdW-DF，optPBE-vdW，optB88-vdW ，optB86b-vdW，vdW-DF2 ， 是一种什么样的泛函？分别用于什么体系的范德瓦斯修正呢？

6. 以DFT-D2为例，manual里面给的这些参数都要进行设置出来么？哪些是必须要有哪些是可以缺省的呢？
VDW_RADIUS        = 50.0
VDW_S6        = 0.75
VDW_SR        = 1.00
VDW_SCALING        =0.75
VDW_D        = 20.0
VDW_C6        = [real array]
VDW_R0        = [real array]
LVDW_EWALD        = .FALSE.$ \vert$.TRUE.

特别的，VDW_RADIUS        = 50.0 这个参数到底要怎么设置呢？我看帖子里有人甚至都有用10 20 30



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计算顺利点吧
1楼 2017-03-01 21:37:50
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momo_琳

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 前田庆次 at 2017-03-02 09:52:29
如题，
1. 关于单层MOS2吸附非金属元素体系（比如O）的体系，一定要加范德瓦尔斯计算么

给你篇文献自己看：
Magnetic properties of nonmetal atoms absorbed MoS monolayers

2. 如果一定要加，manul中很多 ...

你好，我在计算中引入了D3修正，VASP版本为5.4.1，在INCAR中按照手册设置了相关参数，但是在我的OUTCAR文件中并没有出现vdW相关的东西。请问是什么原因？
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10楼2017-05-05 22:14:29
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangfrank(蛋蛋小童鞋代发): 金币+5, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2017-03-02 08:41:10
zhangfrank: 金币+10, ★★★很有帮助 2017-03-02 14:44:15
先参考我在下面的帖子里的回帖吧：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=11094344&authorid=1007127
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zhangfrank
2楼2017-03-02 08:02:19
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前田庆次

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangfrank(蛋蛋小童鞋代发): 金币+5, 谢谢参与，小木虫鼓励积极回答问题者 2017-03-02 10:39:33
zhangfrank: 金币+10, ★★★很有帮助 2017-03-02 14:44:27
如题，
1. 关于单层MOS2吸附非金属元素体系（比如O）的体系，一定要加范德瓦尔斯计算么

给你篇文献自己看：
Magnetic properties of nonmetal atoms absorbed MoS[sub 2] monolayers

2. 如果一定要加，manul中很多种类，如下，对我的体系，要选哪个情况呢？  我的版本是vasp.5.4.1.24Jun15
IVDW=0 no correction
IVDW=1     ##  DFT-D2 method of Grimme (available as of VASP.5.2.11)
IVDW=11   ## zero damping DFT-D3 method of Grimme (available as of VASP.5.3.4)
IVDW=12   ## DFT-D3 method with Becke-Jonson damping (available as of VASP.5.3.4)
IVDW=2     ## Tkatchenko-Scheffler method (available as of VASP.5.3.3)
IVDW=21   ## Tkatchenko-Scheffler method with iterative Hirshfeld partitioning (available as of VASP.5.3.5)
IVDW=202 ##Many-body dispersion energy method (MBD@rSC) (available as of VASP.5.4.1)
IVDW=4     ## dDsC dispersion correction method (available as of VASP.5.4.1)

All methods listed above add vdW correction to potential energy, interatomic forces, as well as stress tensor and hence simulations such as atomic and lattice relaxations, molecular dynamics, and vibrational analysis (via finite differences) can be performed. Note, however, that these correction schemes are currently not available for calculations based on density functional perturbation theory.

这个要看你自己爱好了，我一般都是D3, opt86 88

3. DFT-vdW 跟DFT-D2就是一回事么？ 上面列出了的DFT-D2 DFT-D3 DFT-TS 等有什么区别 （看manul已经看晕了）

TS不太建议，就D3吧

4. 选定好某种vdw泛函后，POTCAR文件是否可以依旧使用之前用的PBE version POTCAR？

Grimme方法，opt86 88都是一样的，其余的我不确定

5. vdW-DF，optPBE-vdW，optB88-vdW ，optB86b-vdW，vdW-DF2 ， 是一种什么样的泛函？分别用于什么体系的范德瓦斯修正呢？

还是给你几篇文章吧
DOI:
10.1002/jcc.20495
10.1002/jcc.20570
10.1021/jp106469x
10.1088/0953-8984/23/39/395001
10.1021/ct200625h

6. 以DFT-D2为例，manual里面给的这些参数都要进行设置出来么？哪些是必须要有哪些是可以缺省的呢？
VDW_RADIUS        = 50.0
VDW_S6        = 0.75
VDW_SR        = 1.00
VDW_SCALING        =0.75
VDW_D        = 20.0
VDW_C6        = [real array]
VDW_R0        = [real array]
LVDW_EWALD        = .FALSE.$ \vert$.TRUE.

特别的，VDW_RADIUS        = 50.0 这个参数到底要怎么设置呢？我看帖子里有人甚至都有用10 20 30

默认就行，除非特殊情况

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zhangfrank
长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
3楼2017-03-02 09:52:29
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zhangfrank

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by valenhou001 at 2017-03-02 08:02:19
先参考我在下面的帖子里的回帖吧：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=11094344&authorid=1007127

谢谢侯老师，找到了您的回贴。看完之后明白了一些，但是依然有一些疑问。
为了方便其他同学查看，我把您的回复复制引用过来：
“vdW-DF修正的设置与IVDW无关。
首先你要明白有两大类的范德华斯作用修正，1）基于半经验的，包括了D2, D3, D3-BJ, TS, TS+SCS等等，这些都是在常用的交换关联泛函比如PBE的基础上，考虑色散力的作用，在PBE计算出来的总能基础上增加了额外半经验项，这一项需要设置一些参数，至于是哪种半经验公式，由IVDW的设置来决定，具体的参考VASP的手册。
https://cms.mpi.univie.ac.at/vas ... ection_methods.html
2）另一类就是vdW-DF，也就是修改交换关联项来考虑范德华修正。包括你所提到的optPBE-vdW, optB88-vdW, and optB86b-vdW等。
它们的设置由修改GGA赋值，以及额外相关的一些参数来设置。 这些在vasp手册上有明确的说明。
https://cms.mpi.univie.ac.at/vas ... undqvist_et_al.html”

我现在有的疑问是：

1. 我们是否有结论，IVDW赋值的几种范德瓦尔斯修正，与vdw-DF赋修改交换关联项的修正，哪种更加复合实验值，或者两种分别适用于什么体系呢？根据您的经验，我算MoS2吸附O的体系，用哪种修正更合适呢？

2. 无论选择哪种修正，是否都可以用PBE的POTCAR？（也就是说可以跟不加修正只用PBE计算的POTCAR一样么？）

3. 我昨天提交了一个用DFT-D2的任务，INCAR中vdw部分参数如下：
LVDW=.TRUE.
VDW_RADIUS=30.0
VDW_SCALING=0.75
VDW_D=20.0

在OUTCAR中搜索VDW的部分显示如下，并没有找到您在上个帖子中贴的OUTCAR输出信息（20 |      You have switched on vdW-DFT.   ），请问这是因为用不同修正所以这部分OUTCAR文件不同么？
另外，能否麻烦侯老师帮我看下我用DFT-D2的输出是否属于正常：

  5579   DFT-D2 method for vdW energy calculation
  5580   -------------------------------------------------------------------
  5581
  5582   Parameters of vdW forcefield:
  5583          C6(Jnm^6/mol)     R0(A)
  5584    -----------------------------
  5585    Mo      24.670          1.639
  5586    S        5.570          1.683
  5587    O        0.700          1.342
  5588
  5589   IVDW =   1
  5590   VDW_RADIUS =    30.000 A
  5591   VDW_S6 =     0.750
  5592   VDW_SR =     1.000
  5593   VDW_D =    20.000
  5594   LVDW_EWALD = F
  5595
  5596   Number of pair interactions contributing to vdW energy:   67514
  5597   Edisp (eV):  -14.99974
  5598     FORVDW:  cpu time    0.0800: real time    0.0940
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计算顺利点吧
4楼2017-03-02 10:06:51
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