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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vdW-DF修正
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是否1924

金虫 (小有名气)

[交流] vdW-DF修正

请教大伙一个问题： VSAP计算加上vdW-DF修正，POTCAR应采用哪种赝势：LDA or GGA-PBE？VASP手册上写：the PBE correlation correction needs to be removed since only LDA correlation is used in the functionals. 是不是vdW-DF不能用GGA赝势？
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弛豫

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1楼 2017-02-25 13:00:28
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
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用PBE的POTCAR就可以了，主要是设置INCAR的参数来指定究竟是哪种vdW-DF修正。
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是否1924
4楼2017-02-27 17:59:55
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valenhou001

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2楼: Originally posted by 冯亚娟 at 2017-02-27 17:14:55
不知楼主是否明白了？同求此问题。另求助对于金属是不是要考虑vdw修正呢？

取决于所研究的问题，如果是小分子或BN或石墨烯等的吸附问题，一般都需要考虑vdw修正。
你可以搜搜文献与你要研究的相关体系。
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冯亚娟
5楼2017-02-27 18:02:13
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valenhou001

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漫天飘雪: 金币+5, 谢谢交流 2017-07-16 17:14:26
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6楼: Originally posted by 是否1924 at 2017-02-28 00:47:18
恩，原来看到：the PBE correlation correction needs to be removed 。。。还担心不能用PBE。想请教下设置了vdW-DF，也加了vdw_kernel.bindat文件。但OUTCAR并没有显示计算vdW这项修正，是版本问题吗？我的是vasp ...

先看你的INCAR文件里的设置。

在OUTCAR的开头部分：
   20 |      You have switched on vdW-DFT.                                          |
   21 |      This routine was written and supplied by Jiri Klimes.                  |
   22 |      We recommed that you carefully read and cite the following             |
   23 |      publication                                                            |
   24 |      J. Klimes, D.R. Bowler, A. Michelides                                  |
   25 |        J. Phys.: Cond Matt. 22 022201 (2010)                                |
   26 |      J. Klimes, D.R. Bowler, A. Michelides                                  |
   27 |        Phys. Rev. B. 83, 195131 (2011)                                      |

搜索：
GGA     =

以及vdW DFT:
这个的下面给出vdW-DFT里一些参数的值：


   28 |      and references therein.
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8楼2017-02-28 08:41:41
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valenhou001

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10楼: Originally posted by 冯亚娟 at 2017-02-28 10:47:30
侯老师，请问下VASP中（optPBE-vdW, optB88-vdW, and optB86b-vdW）的修正与IVDW设置参数所做的修正有什么区别？另外optPBE-vdW, optB88-vdW, and optB86b-vdW修正计算时我将参数加入后，在OUTCAR中搜索vdw没有任何 ...

vdW-DF修正的设置与IVDW无关。

首先你要明白有两大类的范德华斯作用修正，1）基于半经验的，包括了D2, D3, D3-BJ, TS, TS+SCS等等，这些都是在常用的交换关联泛函比如PBE的基础上，考虑色散力的作用，在PBE计算出来的总能基础上增加了额外半经验项，这一项需要设置一些参数，至于是哪种半经验公式，由IVDW的设置来决定，具体的参考VASP的手册。
https://cms.mpi.univie.ac.at/vas ... ection_methods.html

2）另一类就是vdW-DF，也就是修改交换关联项来考虑范德华修正。包括你所提到的optPBE-vdW, optB88-vdW, and optB86b-vdW等。
它们的设置由修改GGA赋值，以及额外相关的一些参数来设置。 这些在vasp手册上有明确的说明。
https://cms.mpi.univie.ac.at/vas ... undqvist_et_al.html
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12楼2017-02-28 12:23:18
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valenhou001

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11楼: Originally posted by zhangfrank at 2017-02-28 11:14:14
侯老师好，最近又能从您的回帖中学到东西了，感谢您！

我有做单层MoS2吸附原子相关的计算，我想请问下，这个体系也必须考虑vdw么？如果不考虑，都会导致哪些量不准确呢？（稳定吸附位置、能量、力、键长、能带、 ...

"我有做单层MoS2吸附原子相关的计算，我想请问下，这个体系也必须考虑vdw么？如果不考虑，都会导致哪些量不准确呢？"
需要。对吸附能，吸附位置、键长都会有影响。
对能带和态密度的影响不大。


"算有vdw的能带，是在几何结构优化、自洽计算、能带计算中都要在INCAR中加上vdw相关的参数么"
在各个计算步骤都需要加入相关的参数。
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zhangfrank
13楼2017-02-28 12:51:35
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15楼: Originally posted by 是否1924 at 2017-03-01 14:13:03
侯老师，您好！计算时又碰到问题：
OUT CAR一直出现：
RMM:  19    -0.351508287383E+03   -0.56565E+00   -0.10072E+00   958   0.270E+00    0.111E+01
Total vdW correction in eV:    36.4715719573048    ...

等计算完了，再改用ALGO = Normal 计算就可以了。
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17楼2017-03-01 13:29:56
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valenhou001

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18楼: Originally posted by 是否1924 at 2017-03-01 14:50:19
重算时用CONTCAR？...

当然了。
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是否1924
19楼2017-03-01 14:23:30
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24楼: Originally posted by 冯亚娟 at 2017-03-02 12:40:56
感谢你昨天给我的回答，我现在已经可以计算，但是烦请帮助解答vdw_kernel.bindat文件的用法，但是这个文件是不是与VASP所用的版本有关系？并且，在VASP安装包中也是有这个文件的，那么它的位置在哪里？可否帮助解决 ...

与vasp的版本没有关系。不能读vdw_kernel.bindat。可能会与你的机器有关，还有可能你的这个文件本身就被破坏了。最好的是从vasp的网站上下载vdw_kernel.bindat.gz文件，下载后解压。

见这里的讨论吧。
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/viewtopic.php?t=11952
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30楼2017-03-03 07:23:55
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28楼: Originally posted by 冯亚娟 at 2017-03-02 21:36:04
我都试过了，感觉差的都很多，有点离谱，所以想问下你。非常感谢你...

既然你是计算He团簇的话，建议你参考一下这几篇文献：
He2 dimer是所有vdw修正方法中常被选择用来测试的一个体系：

The Journal of Chemical Physics 138, 204103 (2013)

Int J Quantum Chem. 2017;e25358. https://doi.org/10.1002/qua.25358
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31楼2017-03-03 07:33:43
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35楼: Originally posted by liuliu198844 at 2017-09-22 14:30:41
老师optPBE-vdW, optB88-vdW, and optB86b-vdW这三种修正设置有何不同呢？我计算了一个Ir表面吸附C21的体系加了vDW-DF2，GGA = ML
LUSE_VDW = .TRUE.
Zab_vdW = -1.8867
AGGAC = 0.0000优化的结构都已经坏了，结 ...

VASP的手册，对这三个vdw-DF的设置进行了详细的说明。
https://cms.mpi.univie.ac.at/vas ... undqvist_et_al.html
1. optPBE-vdW：
GGA = OR
LUSE_VDW = .TRUE.
AGGAC = 0.0000

2. optB88-vdW
GGA = BO
PARAM1 = 0.1833333333
PARAM2 = 0.2200000000
LUSE_VDW = .TRUE.
AGGAC = 0.0000

3.  optB86b-vdW
GGA = MK
PARAM1 = 0.1234
PARAM2 = 1.0000
LUSE_VDW = .TRUE.
AGGAC = 0.0000

至于结构不收敛和优化的结构坏了。要单独检查vDW-DF2对干净Ir表面（也就是未吸附）和C21（孤立的）体系下的结构优化。
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37楼2017-12-20 19:31:50
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