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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 理论与计算方法 » 利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？
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lxj2007

铁虫 (正式写手)

[求助] 利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？ 已有1人参与

本人新手，在用material sdutio7.0 来做分子动力学模拟时，遇到现有的compass等相关力场中没有我研究的气体SO2F2的相关参数怎么办？
用discover-smartminimer最小化后，利用AmorphousCell建立无定型晶包时构建失败如图所示，请高手指点一二，谢谢！

利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？
I{BC{J}ABO]HVA{4$ARGPIF.jpg


利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？-1
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1楼 2017-02-28 14:02:44
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lxj2007: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 很专业，对我这菜鸟很细心，指教到位，虽然我还没有完全解决这问题。 2017-03-02 10:04:53
引用回帖:
6楼: Originally posted by lxj2007 at 2017-02-28 18:15:39
老师您好！我检查了一下我的分子之前是画错了，S是六个键的，S=O是双键，S-F是单键，我改过来运行minimer是成功的，但用AC构建就failed（见图片），谢谢老师，麻烦您帮我看看究竟是什么缘故。

minimer successful ...

用AC-->Calculation，其中力场配置跟Discover中所用一致，即可成功构建。
利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？-2
附图.png
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lxj2007
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7楼2017-03-01 09:08:41
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lxj2007 at 2017-03-01 11:30:15
老师好，我补充下还有错误提示（如下图）

error.png
...

以Discover计算得到的结构导入AC，在AC--calculation--Energy中选个more，把自动计算不勾选，再算。
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10楼2017-03-01 12:07:15
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普通回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)
如果没有力场参数，smart minimer怎么运行成功的？
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2楼2017-02-28 14:12:35
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燧石缄默
月只蓝: 屏蔽内容, 学术性版块，禁止灌水，警告一次！ 2017-02-28 14:35:17
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3楼2017-02-28 14:26:38
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lxj2007

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-02-28 14:12:35
如果没有力场参数，smart minimer怎么运行成功的？

您好！这个具体我也不时很懂，但是在优化结构基础上进行AC建无定型晶包就出现错误：AmorphousCellConstruct failed because the constituent molecules contain atom。不知道您能帮我解决这个问题吗？谢谢！
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4楼2017-02-28 14:49:26
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lxj2007 at 2017-02-28 14:49:26
您好！这个具体我也不时很懂，但是在优化结构基础上进行AC建无定型晶包就出现错误：AmorphousCellConstruct failed because the constituent molecules contain atom。不知道您能帮我解决这个问题吗？谢谢！...

你确定Discover的smart minimer计算成功了吗？
如果用Discover的smart minimer能成功计算，那么在Amorphous Cell中选用与Discover所采用的相同的力场就不会有问题。
此外，你确定分子的成键无误吗，根据你图中的情况，S原子只有4个键，而一般S原子需6个键。
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lxj2007
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5楼2017-02-28 15:56:55
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lxj2007

铁虫 (正式写手)
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5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-02-28 15:56:55
你确定Discover的smart minimer计算成功了吗？
如果用Discover的smart minimer能成功计算，那么在Amorphous Cell中选用与Discover所采用的相同的力场就不会有问题。
此外，你确定分子的成键无误吗，根据你图 ...

老师您好！我检查了一下我的分子之前是画错了，S是六个键的，S=O是双键，S-F是单键，我改过来运行minimer是成功的，但用AC构建就failed（见图片），谢谢老师，麻烦您帮我看看究竟是什么缘故。
利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？-3
minimer successfully.jpg


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利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？-6
构建AC晶包就出错.jpg
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lxj2007

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7楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-03-01 09:08:41
用AC-->Calculation，其中力场配置跟Discover中所用一致，即可成功构建。

附图.png
...

老师您好！你给的结果我看到了，我试着用AC-calculation来构建还是不成功。我刚接触MS模拟，所以很多细节不懂，望老师能多指点指点，谢谢！（以下是我的构建过程设置）
利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？-7
discover set -1.png


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discover set -2.png


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discover set -3.png


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discover set -4.png


利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？-11
discover set -5.png


利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？-12
minimer.png


利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？-13
AC-set1.png


利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？-14
AC-set2.png


利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？-15
AC-set3.png


利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？-16
AC-cal-failed.png
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8楼2017-03-01 11:12:03
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lxj2007

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7楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-03-01 09:08:41
用AC-->Calculation，其中力场配置跟Discover中所用一致，即可成功构建。

附图.png
...

老师好，我补充下还有错误提示（如下图）
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error.png
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