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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 理论与计算方法 » 利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？
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lxj2007

铁虫 (正式写手)
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10楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-03-01 12:07:15
以Discover计算得到的结构导入AC，在AC--calculation--Energy中选个more，把自动计算不勾选，再算。...

老师，不好意思啊，我按您的操作还是不行啊，我是不是还有哪些操作哟点问题，是不是这个版本的MS7.0有问题？
利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？
结构倒入.png


利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？-1
energy  中的自动计算不勾.png
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11楼2017-03-01 12:50:29
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lxj2007

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-03-01 12:07:15
以Discover计算得到的结构导入AC，在AC--calculation--Energy中选个more，把自动计算不勾选，再算。...

老师好，我的MS版本是V7.0的，是不是版本有差异的缘故？
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12楼2017-03-01 12:54:25
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
11楼: Originally posted by lxj2007 at 2017-03-01 12:50:29
老师，不好意思啊，我按您的操作还是不行啊，我是不是还有哪些操作哟点问题，是不是这个版本的MS7.0有问题？

结构倒入.png

energy  中的自动计算不勾.png
...

如果Discover计算成功，为何名为3D Atomistic Disco Min的文件中，只有一个结构文件，没有其他计算信息？
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
13楼2017-03-01 13:02:30
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
12楼: Originally posted by lxj2007 at 2017-03-01 12:54:25
老师好，我的MS版本是V7.0的，是不是版本有差异的缘故？...

不应该是版本问题
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14楼2017-03-01 13:02:41
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lxj2007

铁虫 (正式写手)
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13楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-03-01 13:02:30
如果Discover计算成功，为何名为3D Atomistic Disco Min的文件中，只有一个结构文件，没有其他计算信息？...

老师您好！minimer计算成功后有其他信息的（如下图），但在AC-calculation中下拉菜单只能读到结构信息文件，其他文件不显示。如果可以的话老师您的document能不能给我看下（我的邮箱是lxj0824@zjut.edu.cn），我看看是我哪里设置有问题，或者操作还有问题,谢谢老师！
操作流程是：1.建立了3d结构文件，画出了结构；2. 利用discover程序做minimer计算（compass力场），然后生成了下图文件；3.选择AC模块点calculation来构建不定型晶包，按老师给的建议。
利用MS7.0 来做分子动力学模拟，可compass等力场中没有我研究的气体SO2F2怎么办？-2
minimer后生成的文件.png
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15楼2017-03-01 13:38:49
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匿名

用户注销 (小有名气)
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16楼2017-03-17 23:40:41
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lxj2007

铁虫 (正式写手)
画好分子式后只进行了结构优化，并未构建盒子，问题就出在盒子没法构建成功。（我电脑上结构能优化成功，但盒子没法构建；但是我装在win10的电脑上结构优化minner不成功，盒子能利用AC构建成功，所以很纳闷），不知你能否帮我试下我的分子SO2F2？ @月只蓝

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17楼2017-04-12 11:36:26
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lxj2007

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by minmin-er at 2017-03-17 23:40:41
楼主，你好！我也是做MS动力学的，我想问一下，你之前不是用你画的分子，利用AC构建了一个盒子吗？为什么还要用AC再一次的构建呢？这一步是干什么的呢？我也是新手，有好多不懂得地方，麻烦了！
...

画好分子后，我只进行了结构优化，并未AC构建盒子，我电脑上能进行几何结构优化，但无法AC盒子；win10电脑上能直接构建盒子，但对分子几何优化就出错，不知道什么原因。

发自小木虫IOS客户端
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18楼2017-04-12 11:40:14
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swugzlx

金虫 (小有名气)
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9楼: Originally posted by lxj2007 at 2017-03-01 11:30:15
老师好，我补充下还有错误提示（如下图）

error.png
...

COMPASS力场不支持你的这个分子构型，里面是存在不饱和键的，而compass力场就不支持这种类型的分子结构。因此，你必须换一个力场才行！试试吧！
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19楼2017-05-04 10:02:23
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swugzlx

金虫 (小有名气)
力场不支持该分子构型！
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20楼2017-05-04 10:03:47
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