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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 有谁会用MEGA做基因组合分析构建树图的吗
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薛定谔的老虎

新虫 (初入文坛)

[交流] 有谁会用MEGA做基因组合分析构建树图的吗 已有4人参与

我刚刚上手这个软件，目前只会简单的多序列构建树图，我目前手上有昆虫18S  28S  和COI的基因，想联合这3个基因做一个组合聚类分析构建一个系统发育图，看亲缘关系。但是不太会做组合聚类的分析。百度的教程也只有多序列分析，谁能教我一下吗。
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1楼 2017-02-25 20:20:10
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xtgojian72

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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2017-02-26 08:57:17
先分别将三个基因构建进化树。构建进化树时，每个基因所选的参考菌株均为模式菌株，而且建树的所有菌株必须比对后两端进行人工校正。然后，将校正后的同一菌种的三个基因按相同的顺序拼接，再构建进化树。OK？

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2楼2017-02-26 06:05:16
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xtgojian72

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且建树的所有菌株的基因序列必须比对后两端进行人工校正。

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3楼2017-02-26 06:07:19
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薛定谔的老虎

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2楼: Originally posted by xtgojian72 at 2017-02-26 06:05:16
先分别将三个基因构建进化树。构建进化树时，每个基因所选的参考菌株均为模式菌株，而且建树的所有菌株必须比对后两端进行人工校正。然后，将校正后的同一菌种的三个基因按相同的顺序拼接，再构建进化树。OK？
...

是不是就是，列如先把18S和28S的分别用mega构树，然后保存序列，在用保存的序列进行拼接，拼接的结果再来构树~
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4楼2017-02-26 16:53:12
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xtgojian72

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是

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5楼2017-02-26 20:05:39
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薛定谔的老虎

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5楼: Originally posted by xtgojian72 at 2017-02-26 20:05:39
是

谢谢大佬~么么哒
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6楼2017-02-26 23:57:14
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薛定谔的老虎

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5楼: Originally posted by xtgojian72 at 2017-02-26 20:05:39
是

大神大神，我又来请教你了。。当我用MEGA整理一系列列如18S的序列时，18S的几十个序列文件两端都已经被我切整齐，然后保存，但是这个文件是一个集合文件而且是mas格式，，，，好像导入不进DNAstar，，，我咋个把已经切好的个别序列分离出来啊，，，，
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7楼2017-03-01 20:00:56
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薛定谔的老虎

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5楼: Originally posted by xtgojian72 at 2017-02-26 20:05:39
是

大神大神~，刚刚那个问题我已经解决了，可是我去除两端后保存的文件，用seqMan拼接不起来啊，，，，，接不起来。提示我不定位重叠，咋个弄咧
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8楼2017-03-01 21:13:01
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xtgojian72

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直接一个个接好就行

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9楼2017-03-01 22:36:08
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薛定谔的老虎

新虫 (初入文坛)
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9楼: Originally posted by xtgojian72 at 2017-03-01 22:36:08
直接一个个接好就行

我试过 用seqman直接接18S 28S和COI，但是还是接不上，提示每个基因都是single seqence ,是不是要经过什么处理。
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10楼2017-03-02 17:27:55
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