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薛定谔的老虎

新虫 (初入文坛)

[交流] 有谁会用MEGA做基因组合分析构建树图的吗已有4人参与

我刚刚上手这个软件,目前只会简单的多序列构建树图,我目前手上有昆虫18S  28S  和COI的基因,想联合这3个基因做一个组合聚类分析构建一个系统发育图,看亲缘关系。但是不太会做组合聚类的分析。百度的教程也只有多序列分析,谁能教我一下吗。
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xtgojian72

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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2017-02-26 08:57:17
先分别将三个基因构建进化树。构建进化树时,每个基因所选的参考菌株均为模式菌株,而且建树的所有菌株必须比对后两端进行人工校正。然后,将校正后的同一菌种的三个基因按相同的顺序拼接,再构建进化树。OK?

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2楼2017-02-26 06:05:16
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xtgojian72

新虫 (小有名气)


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且建树的所有菌株的基因序列必须比对后两端进行人工校正。

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3楼2017-02-26 06:07:19
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薛定谔的老虎

新虫 (初入文坛)

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2楼: Originally posted by xtgojian72 at 2017-02-26 06:05:16
先分别将三个基因构建进化树。构建进化树时,每个基因所选的参考菌株均为模式菌株,而且建树的所有菌株必须比对后两端进行人工校正。然后,将校正后的同一菌种的三个基因按相同的顺序拼接,再构建进化树。OK?
...

是不是就是,列如先把18S和28S的分别用mega构树,然后保存序列,在用保存的序列进行拼接,拼接的结果再来构树~
4楼2017-02-26 16:53:12
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xtgojian72

新虫 (小有名气)

5楼2017-02-26 20:05:39
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薛定谔的老虎

新虫 (初入文坛)

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5楼: Originally posted by xtgojian72 at 2017-02-26 20:05:39

谢谢大佬~么么哒
6楼2017-02-26 23:57:14
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薛定谔的老虎

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5楼: Originally posted by xtgojian72 at 2017-02-26 20:05:39

大神大神,我又来请教你了。。当我用MEGA整理一系列列如18S的序列时,18S的几十个序列文件两端都已经被我切整齐,然后保存,但是这个文件是一个集合文件而且是mas格式,,,,好像导入不进DNAstar,,,我咋个把已经切好的个别序列分离出来啊,,,,
7楼2017-03-01 20:00:56
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薛定谔的老虎

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by xtgojian72 at 2017-02-26 20:05:39

大神大神~,刚刚那个问题我已经解决了,可是我去除两端后保存的文件,用seqMan拼接不起来啊,,,,,接不起来。提示我不定位重叠,咋个弄咧
8楼2017-03-01 21:13:01
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xtgojian72

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直接一个个接好就行

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9楼2017-03-01 22:36:08
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薛定谔的老虎

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9楼: Originally posted by xtgojian72 at 2017-03-01 22:36:08
直接一个个接好就行

我试过 用seqman直接接18S 28S和COI,但是还是接不上,提示每个基因都是single seqence ,是不是要经过什么处理。
10楼2017-03-02 17:27:55
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