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xdbotany

新虫 (初入文坛)

[交流] 求助,怎么比对多个氨基酸序列两两之间的的相似度? 已有3人参与

因为我所做的家族中含有20+的基因,想比较一下他们之间的相似度,如何操作呢?NCBI上的两两比对太慢,有没有那种类似于clustalw那种比对,一次性比对,出来一个数值化的结果。我是新人,不懂生物信息学,求高人告知,最好说的详细一点,非常感谢。ps.我没有多少金币,没法发求助帖。
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gyesang

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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-02-19 08:35:12
就用clustalw网页版的比对程序来做,会给你结果统计图,给你两两的相似度值,这个程序是EBI的,你可以clustal omega

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2楼2017-02-19 02:07:47
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-02-19 08:35:24
这份需要建树,对比然后做一个evolutionary tree。看谁跟谁相近。我几年前做过,现在不知道什么软件最合适了。你查一下文献

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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
3楼2017-02-19 07:31:23
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xdbotany

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by drwhoknowss at 2017-02-19 07:31:23
这份需要建树,对比然后做一个evolutionary tree。看谁跟谁相近。我几年前做过,现在不知道什么软件最合适了。你查一下文献

好的,非常感谢。
4楼2017-02-19 11:42:46
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xdbotany

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2017-02-19 02:07:47
就用clustalw网页版的比对程序来做,会给你结果统计图,给你两两的相似度值,这个程序是EBI的,你可以clustal omega

非常感谢。
5楼2017-02-19 15:08:22
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mxm12345

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
您的这个问题解决了吗?能详细说一下如何得到多个蛋白序列的相似度?用clustalw网页版的比对程序如何做?两两的相似度值怎么得到?
6楼2018-12-27 21:19:06
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