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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求助，怎么比对多个氨基酸序列两两之间的的相似度？
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xdbotany

新虫 (初入文坛)

[交流] 求助，怎么比对多个氨基酸序列两两之间的的相似度？ 已有3人参与

因为我所做的家族中含有20+的基因，想比较一下他们之间的相似度，如何操作呢？NCBI上的两两比对太慢，有没有那种类似于clustalw那种比对，一次性比对，出来一个数值化的结果。我是新人，不懂生物信息学，求高人告知，最好说的详细一点，非常感谢。ps.我没有多少金币,没法发求助帖。
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1楼 2017-02-18 23:04:44
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-02-19 08:35:12
就用clustalw网页版的比对程序来做，会给你结果统计图，给你两两的相似度值，这个程序是EBI的，你可以clustal omega

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xdbotany
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2017-02-19 02:07:47
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-02-19 08:35:24
这份需要建树，对比然后做一个evolutionary tree。看谁跟谁相近。我几年前做过，现在不知道什么软件最合适了。你查一下文献

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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
3楼2017-02-19 07:31:23
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xdbotany

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by drwhoknowss at 2017-02-19 07:31:23
这份需要建树，对比然后做一个evolutionary tree。看谁跟谁相近。我几年前做过，现在不知道什么软件最合适了。你查一下文献

好的，非常感谢。
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4楼2017-02-19 11:42:46
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xdbotany

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2017-02-19 02:07:47
就用clustalw网页版的比对程序来做，会给你结果统计图，给你两两的相似度值，这个程序是EBI的，你可以clustal omega

非常感谢。
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5楼2017-02-19 15:08:22
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mxm12345

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
您的这个问题解决了吗？能详细说一下如何得到多个蛋白序列的相似度？用clustalw网页版的比对程序如何做？两两的相似度值怎么得到？
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6楼2018-12-27 21:19:06
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