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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】全原子模型和united atom模型的区别？

在论文上看见在进行模拟计算的时候，有些论文说采用全原子模型，而不采用united atom，请教一下，如何在模拟中体现出来使用的是哪种模型？

和同学讨论了一下，有人认为这个是根据使用的力场的不同来区分的，比如compass力场就是全原子模型，而有些力场就不是全原子模型

而我个人为是根据vdw和electrostatic的summation方法选择atom base和group base的不同造成的，如果将基团看做group base，应该就属于united atom了吧？

还是很迷惑，希望高人传道授业解惑下。

先谢谢了

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-10 at 15:32 ]

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1楼2008-12-18 12:40:03

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yzhhlq_1983

木虫 (正式写手)

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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢欢迎光临

all-atom 和 united-atom 模型不能说是根据立场来分的。例如著名的opls立场就有opls-aa(all-atom)和opls-ua(united-atom)两种形式。很明显all-atom体系的模拟计算
量要大于united-atom模型体系，而且相对要更准确。但并不是说united-atom是不合理的，因为CH3 group看成一个粒子（在united-atom模型中），仅仅是把C-H键和H-C-H角给近似掉了，主要因为这两种势能是属于硬自由度范围，对于模拟结果影响很小，往往是可以忽略的（所以模拟中键长常常固定往往是基于这个考虑）。
需要注明的，united-atom和文献中粗粒化模型不是一个概念，后者是通过对比结构参数（如RDF）等拟合得到参数，在大分子聚合物中常用