| 查看: 2454 | 回复: 7 | ||||
| 当前主题已经存档。 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
allenjobsf853铜虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助】全原子模型和united atom模型的区别？
|
|||
|
在论文上看见在进行模拟计算的时候，有些论文说采用全原子模型，而不采用united atom，请教一下，如何在模拟中体现出来使用的是哪种模型？ 和同学讨论了一下，有人认为这个是根据使用的力场的不同来区分的，比如compass力场就是全原子模型，而有些力场就不是全原子模型 而我个人为是根据vdw和electrostatic的summation方法选择atom base和group base的不同造成的，如果将基团看做group base，应该就属于united atom了吧？ 还是很迷惑，希望高人传道授业解惑下。 先谢谢了 [ Last edited by zdhlover on 2009-12-10 at 15:32 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 TOMA'S INDEX |
» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有6人回复
-
延安大学回应“副教授留绝笔信”：确已离世，正核实举报内容
已经有5人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有23人回复
yzhhlq_1983
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.03
- 金币: 2207.1
- 散金: 71
- 红花: 296
- 帖子: 546
- 在线: 391.7小时
- 虫号: 89840
- 注册: 2005-08-30
- 性别: GG
- 专业: 太阳和太阳系
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 欢迎光临
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 欢迎光临
|
all-atom 和 united-atom 模型不能说是根据立场来分的。例如著名的opls立场就有opls-aa(all-atom)和opls-ua(united-atom)两种形式。很明显all-atom体系的模拟计算 量要大于united-atom模型体系，而且相对要更准确。但并不是说united-atom是不合理的，因为CH3 group看成一个粒子（在united-atom模型中），仅仅是把C-H键和H-C-H角给近似掉了，主要因为这两种势能是属于硬自由度范围，对于模拟结果影响很小，往往是可以忽略的（所以模拟中键长常常固定往往是基于这个考虑）。 需要注明的，united-atom和文献中粗粒化模型不是一个概念，后者是通过对比结构参数（如RDF）等拟合得到参数，在大分子聚合物中常用 |
8楼2009-01-06 13:23:40
yyx19840628
木虫 (著名写手)
鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
- 应助: 4 (幼儿园)
- 贵宾: 0.41
- 金币: 3521.9
- 散金: 50
- 红花: 8
- 帖子: 2322
- 在线: 129.4小时
- 虫号: 508615
- 注册: 2008-02-21
- 性别: MM
- 专业: 环境污染化学
2楼2008-12-18 14:42:57
3楼2008-12-18 19:56:03
allenjobsf853
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 74.6
- 散金: 207
- 帖子: 300
- 在线: 39.6小时
- 虫号: 497378
- 注册: 2008-02-02
- 性别: GG
- 专业: 水环境与生态水利
4楼2008-12-19 15:04:55
