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qwky2010

金虫 (著名写手)

[交流] 恳切希望帮帮分析电泳图,诚心谢谢

大家好,我现在用连接有目的片段的pGM-T质粒载体为模板做PCR,由于没有什么经验,PCR的条件还在摸索,我的目的片段是1290bp,我一直都是用25微升的反应体系:
【dNTP(10mM的)      0.5微升,
模板                           0.5微升,
正反引物                     各0.5微升,
rTaq                          0.2微升,
10*buffer                   2.5微升,
ddH2O                      20.3微升,】
PCR反应条件是:
【1、95度   5分钟,
2、94度    50秒,
3、60度   45秒
4、72度   2分钟
5、72度  10分钟
6、16度   2分钟】
我的引物序列(加了酶切位点引物设计应该没有问题):
forward, 5-CCGGAATTCATGACGAGCTACAGTTTATTTTGGATGTC-3
Reverse, 5-CGCGGATCCCTACCAACCAATATTGGTTGCTTCAG-3
合成的引物单上给出的上游Tm:66.74度,下游是69.3度,我用TAE,0.8%的胶跑了30分钟,EB染色30分钟结果显示是如下图:



我不知道为什么出现那多的非特性条带。
电泳图说明:泳道2,3,6,7,8,9,(所用的质粒模板为试剂盒提取且没有加水稀释,《当时质粒提取时是2毫升的菌液,提取后用80微升的水洗脱》,据说用质粒做模板pcr时要将其稀释)。
泳道4,5(所用的质粒模板为试剂盒提取且加水稀释了20倍)
另外电泳图的后两个泳道是我连接有目的片段的pGM-T质粒载体做的酶切结果(质粒的提取质量很好),不知道为什么总是出现涂抹带状,我想得到的是3kb和1.29kb两个片段,但结果成了这个样子,我用的酶切体系是:
EcoRⅠ buffer    2微升
质粒                 8微升
ddH2O             9.5微升
EcoRⅠ             0.5微升
37度水浴6个小时后直接电泳,据说可以不用灭酶活(65度20分钟),所有没做。之前我做过4小时水浴后直接做了电泳。15小时水浴后电泳但结果是此图中的涂抹带状,效果很差不好,自己才疏学浅,请求大家以自己博学的知识指导我,真诚的感激您,谢谢!
如果这里看不到图片请到我的小木虫空间的相册看看,谢谢你

[ Last edited by qwky2010 on 2008-12-17 at 21:14 ]
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天道酬勤
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charon1982

铁杆木虫 (著名写手)


lwf991229(金币+1,VIP+0):感谢参与讨论~~
般来说,退火温度比Tm值要低上5度左右。但是这个也不是绝对的。建议你如果说模板比较充足的话,做一个梯度试验。每两度提高至70°c.
帮助虫友,提升自己
2楼2008-12-18 22:50:33
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qwky2010

金虫 (著名写手)

谢谢你了,我试试吧,不过我觉得好像还有更多的原因啊
天道酬勤
3楼2008-12-19 22:48:55
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