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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » DNA重组 » 测序结果分析
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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upwardkl

新虫 (初入文坛)

[求助] 测序结果分析 已有2人参与

求助：将T载体连接目的基因后转入感受态细胞，经阳性克隆筛选及PCR鉴定后，送出测序，，，，，结果运用BLAST进行比对，结果显示，在阅读框的范围内碱基错配2个，，，序列所翻译出来的氨基酸数目比预计的多出18个在前面，后将翻译的氨基酸序列进行比对，虽然100%匹配，但是对应的位置为1-233对应19-251，并非1-233与1-233的对应，，，

不知这样的结果，该菌液是可以用的吗？？？？
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雪霁花开，向上追求
1楼 2017-02-14 15:29:12
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Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)
碱基错配有没有改变造成氨基酸的改变？生物个体之间存在SNP很正常，由于密码子的简并性（多个密码子编码同一种氨基酸），属于无义突变（不影响基因功能）。

测序结果去除载体序列了吗？确定起始密码子（ATG）和终止密码子了吗？Anyway, 你的引物是怎么设计的？
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upwardkl
2楼2017-02-14 15:57:05
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seascen2016

新虫 (小有名气)
起始密码子变了吗？为什么前面多18个而楼主又说blast只有两个错配，是错配导致起始密码子提前出现?不管是什么，这个载体明显不是正确的

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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

upwardkl
3楼2017-02-14 16:04:56
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chessing

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主问这菌液能不能用，这要看你拿这菌液做什么用了。
如果是表达，看上去是有问题的；如果是作为阳性扩增模板，只要突变的位置没在扩增引物上，也可以用。

你这个问题说实话前面不太好理解，如果能把目的序列和扩增序列贴出来，会比较一目了然。
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4楼2017-02-14 16:54:13
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主先去搞清楚你的gene 第一个codon，然后看ncbi的蛋白有没有tag，多出来的可能是tag

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upwardkl
Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
5楼2017-02-15 10:06:26
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upwardkl

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by Lau_Kimura at 2017-02-14 15:57:05
碱基错配有没有改变造成氨基酸的改变？生物个体之间存在SNP很正常，由于密码子的简并性（多个密码子编码同一种氨基酸），属于无义突变（不影响基因功能）。

测序结果去除载体序列了吗？确定起始密码子（ATG）和终 ...

谢谢你的应助，在需要的氨基酸序列前多出了18个氨基酸，，
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雪霁花开，向上追求
6楼2017-02-15 19:42:52
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upwardkl

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by seascen2016 at 2017-02-14 16:04:56
起始密码子变了吗？为什么前面多18个而楼主又说blast只有两个错配，是错配导致起始密码子提前出现?不管是什么，这个载体明显不是正确的

谢谢你的应助，算是起始密码子提前了么？本来需要翻译233个氨基酸，现在有251个，，，，这样的菌液可抽提质粒，，做酶切反应吗？
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雪霁花开，向上追求
7楼2017-02-15 19:58:26
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upwardkl

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by drwhoknowss at 2017-02-15 10:06:26
楼主先去搞清楚你的gene 第一个codon，然后看ncbi的蛋白有没有tag，多出来的可能是tag

谢谢你的应助，抱歉，我没有明白是什么意思，
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雪霁花开，向上追求
8楼2017-02-15 20:03:41
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