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upwardkl

新虫 (初入文坛)

[求助] 测序结果分析 已有2人参与

求助:将T载体连接目的基因后转入感受态细胞,经阳性克隆筛选及PCR鉴定后,送出测序,,,,,结果运用BLAST进行比对,结果显示,在阅读框的范围内碱基错配2个,,,序列所翻译出来的氨基酸数目比预计的多出18个在前面,后将翻译的氨基酸序列进行比对,虽然100%匹配,但是对应的位置为1-233对应19-251,并非1-233与1-233的对应,,,

不知这样的结果,该菌液是可以用的吗????
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雪霁花开,向上追求
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Lau_Kimura

铁虫 (正式写手)

碱基错配有没有改变造成氨基酸的改变?生物个体之间存在SNP很正常,由于密码子的简并性(多个密码子编码同一种氨基酸),属于无义突变(不影响基因功能)。

测序结果去除载体序列了吗?确定起始密码子(ATG)和终止密码子了吗?Anyway, 你的引物是怎么设计的?

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2楼2017-02-14 15:57:05
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seascen2016

新虫 (小有名气)

起始密码子变了吗?为什么前面多18个而楼主又说blast只有两个错配,是错配导致起始密码子提前出现?不管是什么,这个载体明显不是正确的

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3楼2017-02-14 16:04:56
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chessing

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼主问这菌液能不能用,这要看你拿这菌液做什么用了。
如果是表达,看上去是有问题的;如果是作为阳性扩增模板,只要突变的位置没在扩增引物上,也可以用。

你这个问题说实话前面不太好理解,如果能把目的序列和扩增序列贴出来,会比较一目了然。
4楼2017-02-14 16:54:13
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼主先去搞清楚你的gene 第一个codon,然后看ncbi的蛋白有没有tag,多出来的可能是tag

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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
5楼2017-02-15 10:06:26
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upwardkl

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by Lau_Kimura at 2017-02-14 15:57:05
碱基错配有没有改变造成氨基酸的改变?生物个体之间存在SNP很正常,由于密码子的简并性(多个密码子编码同一种氨基酸),属于无义突变(不影响基因功能)。

测序结果去除载体序列了吗?确定起始密码子(ATG)和终 ...

谢谢你的应助,在需要的氨基酸序列前多出了18个氨基酸,,
雪霁花开,向上追求
6楼2017-02-15 19:42:52
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upwardkl

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by seascen2016 at 2017-02-14 16:04:56
起始密码子变了吗?为什么前面多18个而楼主又说blast只有两个错配,是错配导致起始密码子提前出现?不管是什么,这个载体明显不是正确的

谢谢你的应助,算是起始密码子提前了么?本来需要翻译233个氨基酸,现在有251个,,,,这样的菌液可抽提质粒,,做酶切反应吗?
雪霁花开,向上追求
7楼2017-02-15 19:58:26
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upwardkl

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by drwhoknowss at 2017-02-15 10:06:26
楼主先去搞清楚你的gene 第一个codon,然后看ncbi的蛋白有没有tag,多出来的可能是tag

谢谢你的应助,抱歉,我没有明白是什么意思,
雪霁花开,向上追求
8楼2017-02-15 20:03:41
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