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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求助：vasp如何计算获得同位素振动频率？
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burningdays

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助：vasp如何计算获得同位素振动频率？ 已有1人参与

请教各位前辈，vasp是否有像高斯中的freqchk程序这样功能，我用vasp求得振动频率之后，如何根据计算的力常数求得将某个原子替换为重同位素之后的振动频率？  我看phonopy之中有修改原子质量的参数选项，但是手册中又未提及，望高手指点，万分感谢！
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1楼 2017-02-06 10:00:41
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

charleslian

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2017-02-08 09:18:40
可以把想用x的同位素的原子换成另一个元素符号，比如x1，然后建立一个改了质量的x赝势给x1即可

发自小木虫IOS客户端
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3楼2017-02-08 08:06:24
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
burningdays: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2017-02-10 19:26:36
MASS
This tag is not necessary to use usually, because atomic masses are automatically set from the chemical symbols.

Atomic masses of a primitive cell are overwritten by the values specified. The order of atoms in the primitive cell that is defined by PRIMITIVE_AXIS tag can be shown using -v option. It must be noted that this tag does not affect to the symmetry search.

For example, when there are six atoms in a primitive cell, MASS is set as follows

MASS =   28.085 28.085 16.000 16.000 16.000 16.000

phonopy的manual里面写的很清楚啊
https://atztogo.github.io/phonopy/setting-tags.html#pm
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4楼2017-02-08 11:08:28
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普通回帖

burningdays

铜虫 (小有名气)
另外，有一种方法是通过在POTCAR中修改元素质量，这样需要再重做一遍频率计算，但是，这是修改了体系中所有一类原子的质量，如果只需要修改体系中某一个原子的质量则不能满足。所以，我想请教各位前辈，可不可以通过别的软件来处理获得重同位素替换之后的振动频率。
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2楼2017-02-06 10:14:17
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burningdays

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by charleslian at 2017-02-08 07:06:24
可以把想用x的同位素的原子换成另一个元素符号，比如x1，然后建立一个改了质量的x赝势给x1即可

感谢您的回复！在赝势中修改质量的方法我试过了，在计算中出现这样的提示：BRMIX: very serious problems the old and the new charge density differ
old charge density:    16.00000 new   14.00000（在之前未修改赝势计算中，是没有这样的提示的），而且最后计算出的频率存在虚频。
按理说只是修改了质量，对别的性质都没有影响，不知您对这一错误有什么看法？
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5楼2017-02-08 12:51:58
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burningdays

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dxcharlary at 2017-02-08 10:08:28
MASS
This tag is not necessary to use usually, because atomic masses are automatically set from the chemical symbols.

Atomic masses of a primitive cell are overwritten by the values specified. Th ...

感谢您的回复！
我在手册里也看到了这个，但是由于我是刚接触phonopy，对它的功能还不太清楚。
想请教前辈，如果我加上了这个Mass的选项，我最后计算出的频率在哪里提取？我一直没有找到。。
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6楼2017-02-08 12:59:57
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burningdays

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dxcharlary at 2017-02-08 10:08:28
MASS
This tag is not necessary to use usually, because atomic masses are automatically set from the chemical symbols.

Atomic masses of a primitive cell are overwritten by the values specified. Th ...

原来是dxcharlary 前辈，我之前消虚频就是按着您的建议消掉的太感谢了！
这里我只是需要改变质量后的振动频率，并不需要声子谱，但是我在phonopy里缺找不到该在哪里提取频率，恳请前辈指点，万分感谢！
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7楼2017-02-08 13:23:48
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by burningdays at 2017-02-08 12:51:58
感谢您的回复！在赝势中修改质量的方法我试过了，在计算中出现这样的提示：BRMIX: very serious problems the old and the new charge density differ
old charge density:    16.00000 new   14.00000（在之前未 ...

这个应该要么是改的什么东西触发了某些关于电子数的bug要么是你没找对地方。
至于下面说phonopy的那个声子谱肯定是可以算的。我觉得你可以尝试一下算一个单胞，然后用phonopy处理，反正你关心的应该只是gamma点处的声子谱。
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8楼2017-02-08 15:21:06
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burningdays

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by dxcharlary at 2017-02-08 14:21:06
这个应该要么是改的什么东西触发了某些关于电子数的bug要么是你没找对地方。
至于下面说phonopy的那个声子谱肯定是可以算的。我觉得你可以尝试一下算一个单胞，然后用phonopy处理，反正你关心的应该只是gamma点处 ...

感谢前辈的解答！
修改赝势文件这个我就是在POTCAR中修改了POMASS,别的都没动：
    TITEL  = PAW_PBE Mg 13Apr2007
   LULTRA =        F    use ultrasoft PP ?
   IUNSCR =        1    unscreen: 0-lin 1-nonlin 2-no
   RPACOR =    1.500    partial core radius
   POMASS =   26.982593; ZVAL   =    2.000    mass and valenz
   RCORE  =    2.000    outmost cutoff radius
前辈您看我这样修改是不是对的。

关于使用phonopy的这个，我没太理解前辈说的，我并不需要声子谱，我只要振动频率，就是vasp OUTCAR中输出的那3N个，不过我现在需要得到同位素替换后的振动频率，phonopy带有修改质量的选项，但是我不知道在如何操作来提取这个频率
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9楼2017-02-08 16:06:44
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by burningdays at 2017-02-08 16:06:44
感谢前辈的解答！
修改赝势文件这个我就是在POTCAR中修改了POMASS,别的都没动：
    TITEL  = PAW_PBE Mg 13Apr2007
   LULTRA =        F    use ultrasoft PP ?
   IUNSCR =        1    unscreen: 0-lin 1- ...

phonopy可以指定q点，你就指定gamma点就行了
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burningdays
10楼2017-02-08 19:28:11
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