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burningdays

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助:vasp如何计算获得同位素振动频率? 已有1人参与

请教各位前辈,vasp是否有像高斯中的freqchk程序这样功能,我用vasp求得振动频率之后,如何根据计算的力常数求得将某个原子替换为重同位素之后的振动频率?  我看phonopy之中有修改原子质量的参数选项,但是手册中又未提及,望高手指点,万分感谢!
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burningdays

铜虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
10楼: Originally posted by dxcharlary at 2017-02-08 18:28:11
phonopy可以指定q点,你就指定gamma点就行了...

感谢前辈,问题已经解决,另外再问个小问题,我指定gamma点输出的频率和OUTCAR里面的频率为什么会有差异呢,不过很小,小数点后两位(cm-1),前辈觉得这是什么原因呢?我用的命令是phonopy --dim=“1 1 1” --factor=521.471 --qpoints=“0 0 0”--writedm  --readfc(未改变质量),由于我频率计算用的是超胞,这里需要输出3N个频率,所以dim我设成了1 1 1 ,POSCAR是用的超胞,前辈您看这样有问题么?如果用原胞的话,输出频率只有原胞原子的3N个。。
12楼2017-02-10 19:23:08
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查看全部 14 个回答

burningdays

铜虫 (小有名气)

另外,有一种方法是通过在POTCAR中修改元素质量,这样需要再重做一遍频率计算,但是,这是修改了体系中所有一类原子的质量,如果只需要修改体系中某一个原子的质量则不能满足。所以,我想请教各位前辈,可不可以通过别的软件来处理获得重同位素替换之后的振动频率。
2楼2017-02-06 10:14:17
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charleslian

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2017-02-08 09:18:40
可以把想用x的同位素的原子换成另一个元素符号,比如x1,然后建立一个改了质量的x赝势给x1即可

发自小木虫IOS客户端
3楼2017-02-08 08:06:24
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
burningdays: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2017-02-10 19:26:36
MASS
This tag is not necessary to use usually, because atomic masses are automatically set from the chemical symbols.

Atomic masses of a primitive cell are overwritten by the values specified. The order of atoms in the primitive cell that is defined by PRIMITIVE_AXIS tag can be shown using -v option. It must be noted that this tag does not affect to the symmetry search.

For example, when there are six atoms in a primitive cell, MASS is set as follows

MASS =   28.085 28.085 16.000 16.000 16.000 16.000

phonopy的manual里面写的很清楚啊
https://atztogo.github.io/phonopy/setting-tags.html#pm
4楼2017-02-08 11:08:28
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