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075003

新虫 (初入文坛)

[交流] CRISPR/Cas9技术敲除原核生物的基因如何设计sgRNA 已有7人参与

新人求指教
有人用CRISPR/Cas9技术敲除原核生物的基因吗?  如何设计sgRNA ? 用什么软件设计sgRNA ?脱靶效应如何评估?
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稻草人2011

铁杆木虫 (正式写手)


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引用回帖:
3楼: Originally posted by drwhoknowss at 2017-02-15 10:31:49
cas-offinder是最好的

你好,请问用Cas-OFFinder设计好了sgRNA后,如何评估sgRNA的脱靶效应呢; Bulge Type, Bulge Size, Mismatch, Number of Found Targets应该是多少会比较好呢?因为之前没有接触过CRISPR/Cas9,有很多不懂的地方,还请多多指教,谢谢啦~
9楼2018-01-24 10:54:27
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前行的璐

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
http://crispr.mit.edu/
http://www.e-crisp.org/E-CRISP/designcrispr.html
http://arep.med.harvard.edu/CasFinder
CRISPR Optimal Target Finder:http://tools.flycrispr.molbio.wisc.edu/targetFinder/
这是我在网上找的一些在线软件,其中一些软件是有脱靶效应评估的,
我也是新手,打算用crispr/cas9做真菌的,但是还不知道怎么开始,在设计gRNA之前还需要哪些准备工作?现在没有方向,不知道该从哪下手
2楼2017-02-12 15:11:23
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
cas-offinder是最好的

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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
3楼2017-02-15 10:31:49
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吴美儒

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你好,请问你现在在开始做crispr/cas9了吗?

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4楼2017-02-19 18:45:29
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