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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 干扰/敲除 » CRISPR/Cas9技术敲除原核生物的基因如何设计sgRNA
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075003

新虫 (初入文坛)

[交流] CRISPR/Cas9技术敲除原核生物的基因如何设计sgRNA 已有7人参与

新人求指教
有人用CRISPR/Cas9技术敲除原核生物的基因吗？  如何设计sgRNA ？ 用什么软件设计sgRNA ？脱靶效应如何评估？
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1楼 2017-01-30 20:48:38
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075003

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 羽西妖 at 2017-12-06 15:57:56
请问你sgRNA设计出来了吗？物种没有细菌，怎么选择的？
...

已经设计做差不多了
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8楼2018-01-20 14:35:11
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cas-offinder是最好的

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稻草人2011
Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
3楼2017-02-15 10:31:49
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稻草人2011

铁杆木虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
10楼: Originally posted by drwhoknowss at 2018-01-24 11:03:10
很久以前的回复了啊。还有人。。。
Cas-OFFinder就能评估，原则是Number of Found Targets越少越好，最好<5.
<10也行。其他比较次要。
Cas-OFFinder比较好的地方是，off-targets找得准...

因为一直有新手啊
好的，谢谢您的解答
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11楼2018-01-24 15:21:09
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普通回帖

前行的璐

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
http://crispr.mit.edu/
http://www.e-crisp.org/E-CRISP/designcrispr.html
http://arep.med.harvard.edu/CasFinder
CRISPR Optimal Target Finder：http://tools.flycrispr.molbio.wisc.edu/targetFinder/
这是我在网上找的一些在线软件，其中一些软件是有脱靶效应评估的，
我也是新手，打算用crispr/cas9做真菌的，但是还不知道怎么开始，在设计gRNA之前还需要哪些准备工作？现在没有方向，不知道该从哪下手
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2楼2017-02-12 15:11:23
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吴美儒

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好，请问你现在在开始做crispr/cas9了吗？

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4楼2017-02-19 18:45:29
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前行的璐

新虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by drwhoknowss at 2017-02-15 10:31:49
cas-offinder是最好的

这个网站限物种吗？
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5楼2017-02-21 14:22:16
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羽西妖

新虫 (初入文坛)
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引用回帖:
1楼: Originally posted by 075003 at 2017-01-30 20:48:38
新人求指教
有人用CRISPR/Cas9技术敲除原核生物的基因吗？  如何设计sgRNA ？ 用什么软件设计sgRNA ？脱靶效应如何评估？

请问你sgRNA设计出来了吗？物种没有细菌，怎么选择的？

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6楼2017-12-06 15:57:56
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sandyes

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 羽西妖 at 2017-12-06 15:57:56
请问你sgRNA设计出来了吗？物种没有细菌，怎么选择的？
...

http://chopchop.cbu.uib.no/        这个网站有设计细菌的，你可以试试
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7楼2017-12-27 16:01:21
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稻草人2011

铁杆木虫 (正式写手)
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引用回帖:
3楼: Originally posted by drwhoknowss at 2017-02-15 10:31:49
cas-offinder是最好的

你好，请问用Cas-OFFinder设计好了sgRNA后，如何评估sgRNA的脱靶效应呢; Bulge Type, Bulge Size, Mismatch, Number of Found Targets应该是多少会比较好呢？因为之前没有接触过CRISPR/Cas9，有很多不懂的地方，还请多多指教，谢谢啦~
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9楼2018-01-24 10:54:27
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by 稻草人2011 at 2018-01-24 10:54:27
你好，请问用Cas-OFFinder设计好了sgRNA后，如何评估sgRNA的脱靶效应呢; Bulge Type, Bulge Size, Mismatch, Number of Found Targets应该是多少会比较好呢？因为之前没有接触过CRISPR/Cas9，有很多不懂的地方，还 ...

很久以前的回复了啊。还有人。。。
Cas-OFFinder就能评估，原则是Number of Found Targets越少越好，最好<5.
<10也行。其他比较次要。
Cas-OFFinder比较好的地方是，off-targets找得准
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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
10楼2018-01-24 11:03:10
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