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msr111111

木虫 (小有名气)

[求助] calypso 结构预测求助

calypso 结构预测求助
利用同一个账号提交两个任务,先提交的任务老是处于排队中,而后提交的任务立刻就开始计算!第一个任务排队,都排几天了,觉得可能是自己提交的脚本有问题!
提交作业后显示的信息:
node10:
                                                                         Req'd  Req'd   Elap
Job ID               Username Queue    Jobname          SessID NDS   TSK Memory Time  S Time
-------------------- -------- -------- ---------------- ------ ----- --- ------ ----- - -----
732.inode10          bryu     normal1  vasp_template       --      2  48    --  9999: Q   --
    --
[bryu@node10 calypso]$

脚本如下:
                     test.pbs
#!/bin/sh
#PBS -N vasp_template
#PBS -j oe

#PBS -l nodes=2:ppn=24,walltime=9999:00:00

#PBS -V
#################################################################
#......you only need to modify the filename of these line.......#
#............or add lines similar as these......................#
cd /home/bryu/lxc/calypso/
./calypso.x
#################################################################
exit 0
                               submit.sh
#!/bin/bash
mpirun -np 24 -hostfile $PBS_NODEFILE /public/software/vasp5.2/vasp >>out
#cp OUTCAR OUTCAR.`date +%s`
#cp out out.`date +%s`

其他的INCAR、POSCAR KPOINTS POTCAR  calypso.X文件都是有的、但是从别人那里拷过来的calypso.X文件是记事本格式,打开全是乱码!
求高人指点迷津,不胜感激!
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努力奋斗!
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窦政科

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by msr111111 at 2017-01-24 16:54:27
找到问题所在了,谢谢大家...

我也遇到了,这是哪里的问题了,谢谢
龙翔天宇
8楼2018-10-31 19:47:10
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事,踏实做人

看到你用了两个节点,用一个试试,submit.sh  ,mpirun -np 24 vasp,试试

发自小木虫IOS客户端
http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
2楼2017-01-23 19:13:56
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msr111111

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2017-01-23 19:13:56
看到你用了两个节点,用一个试试,submit.sh  ,mpirun -np 24 vasp,试试

试过了,没有用
努力奋斗!
3楼2017-01-23 21:25:37
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msr111111

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 漫天飘雪 at 2017-01-23 19:13:56
看到你用了两个节点,用一个试试,submit.sh  ,mpirun -np 24 vasp,试试

AtomicNum  这个参数手册上没找到呢,您知道这个参数的使用格式吗
努力奋斗!
4楼2017-01-23 21:26:19
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