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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】*重金酬谢*gromacs实现MM/PBSA计算
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】*重金酬谢*gromacs实现MM/PBSA计算


如题，希望能指点用gromacs一步步实现MM/PBSA计算的方法。
关于MM/PBSA的理论就不要了，因为我已经有了，关键是如何用gromacs将能量一步一步的列出来进行计算不会，如能帮忙，30金币酬谢！如能有相关的资料最好，感激不尽！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:36 ]
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2008-12-12 13:56:34
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
上面的版主师兄好，我确实是想用Amber，但是实在是没有找到能用的，还涉及到版权问题。我就是想用gromacs大体算算结合能就可以了，不用那么严格，比对接的准确就可以了。我不怕写脚本，要是能实现，我愿意一点一点去抠，虽然我linux很菜，但关键是应该用gromacs的哪些能量项去计算我不清楚？还请您能指点一二！private message或是怎样指点一下都行，谢谢您了！
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-12-12 17:40:08
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gromacs

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):非常感谢！能否进一步指点！
gwdavid(金币+10,VIP+0):这10个金币是作为我自己拿出来的酬金感谢您的
I suggest you use AMBER to do such things if you do not want to write a series of scripts yourself. Indeed, I have tried it for about two months in the last year.
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"I was taught at school that you should never start a sentence without knowing the end of it." GROMACS讨论区：http://www.mdbbs.org/forum-39-1.html
2楼2008-12-12 16:35:57
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
我来看看！没啥帖子管啊！
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
4楼2008-12-12 17:51:08
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

试试灵不灵，反正日本人就怕鬼不灵（参考《小兵张嘎》）

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+18,VIP+0):教授点拨后人之心胸让gwdavid涕零感激！学生奉上所有悬赏金币聊表谢意，虽然您老可不在意这点虚币
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1097686
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5楼2008-12-12 18:40:26
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