24小时热门版块排行榜

返回列表

当前主题已经存档。

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

应助: 0 (幼儿园)
贵宾: 0.522
金币: 4097.7
散金: 1548
红花: 57
帖子: 1768
在线: 151.2小时
虫号: 514002
注册: 2008-02-28
性别: GG
专业: 生化分析及生物传感

[交流] 【求助】重金酬谢gromacs实现MM/PBSA计算

如题，希望能指点用gromacs一步步实现MM/PBSA计算的方法。
关于MM/PBSA的理论就不要了，因为我已经有了，关键是如何用gromacs将能量一步一步的列出来进行计算不会，如能帮忙，30金币酬谢！如能有相关的资料最好，感激不尽！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:36 ]

回复此楼

» 猜你喜欢

个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]

1楼 2008-12-12 13:56:34

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

gromacs

银虫 (正式写手)

应助: 4 (幼儿园)
贵宾: 0.005
金币: 640.1
散金: 1631
红花: 59
帖子: 373
在线: 144.5小时
虫号: 435033
注册: 2007-08-19
性别: GG
专业: 理论和计算化学

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+2,VIP+0):非常感谢！能否进一步指点！
gwdavid(金币+10,VIP+0):这10个金币是作为我自己拿出来的酬金感谢您的

I suggest you use AMBER to do such things if you do not want to write a series of scripts yourself. Indeed, I have tried it for about two months in the last year.

赞一下(12人)

回复此楼

"I was taught at school that you should never start a sentence without knowing the end of it." GROMACS讨论区：http://www.mdbbs.org/forum-39-1.html

2楼2008-12-12 16:35:57

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

应助: 0 (幼儿园)
贵宾: 0.522
金币: 4097.7
散金: 1548
红花: 57
帖子: 1768
在线: 151.2小时
虫号: 514002
注册: 2008-02-28
性别: GG
专业: 生化分析及生物传感

上面的版主师兄好，我确实是想用Amber，但是实在是没有找到能用的，还涉及到版权问题。我就是想用gromacs大体算算结合能就可以了，不用那么严格，比对接的准确就可以了。我不怕写脚本，要是能实现，我愿意一点一点去抠，虽然我linux很菜，但关键是应该用gromacs的哪些能量项去计算我不清楚？还请您能指点一二！private message或是怎样指点一下都行，谢谢您了！

赞一下

回复此楼

个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]

3楼2008-12-12 17:40:08

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖