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gwdavid

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[交流] 【求助】重金酬谢gromacs实现MM/PBSA计算

如题，希望能指点用gromacs一步步实现MM/PBSA计算的方法。
关于MM/PBSA的理论就不要了，因为我已经有了，关键是如何用gromacs将能量一步一步的列出来进行计算不会，如能帮忙，30金币酬谢！如能有相关的资料最好，感激不尽！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:36 ]

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1楼 2008-12-12 13:56:34

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gromacs

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gwdavid(金币+2,VIP+0):非常感谢！能否进一步指点！
gwdavid(金币+10,VIP+0):这10个金币是作为我自己拿出来的酬金感谢您的

I suggest you use AMBER to do such things if you do not want to write a series of scripts yourself. Indeed, I have tried it for about two months in the last year.

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"I was taught at school that you should never start a sentence without knowing the end of it." GROMACS讨论区：http://www.mdbbs.org/forum-39-1.html

2楼2008-12-12 16:35:57

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gwdavid

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上面的版主师兄好，我确实是想用Amber，但是实在是没有找到能用的，还涉及到版权问题。我就是想用gromacs大体算算结合能就可以了，不用那么严格，比对接的准确就可以了。我不怕写脚本，要是能实现，我愿意一点一点去抠，虽然我linux很菜，但关键是应该用gromacs的哪些能量项去计算我不清楚？还请您能指点一二！private message或是怎样指点一下都行，谢谢您了！

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3楼2008-12-12 17:40:08

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