应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 如何从细菌complete genome中选出16s序列
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1123  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lm334723460

银虫 (小有名气)

[求助] 如何从细菌complete genome中选出16s序列 已有1人参与

比如在NCBI上搜索NC_011586.1  出现1图中的结果。 共有400多万bp，我要怎么处理才能从中找出16s的序列？

如何从细菌complete genome中选出16s序列
1.png@天使托
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-12-30 00:00:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lm334723460

银虫 (小有名气)
the bacterial pathogens database including 557 pathogenic species (Table S2) was constructed. All the 16S rRNA gene sequences of the selected bacterial pathogens are publicly available from the NCBI GenBank. The 16S rRNA gene sequences from each sample were blasted against the bacterial pathogens 16S database with an E-value b 1 × 10−10.

我主要想做这个比对。顺便问下我用于比对的序列是OTU的代表序列吗？还是其他每个样品所有的16s序列？
赞一下 回复此楼
2楼2016-12-30 00:03:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

二十一业

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
注释里有的
你这个页面如果缓冲完毕，搜索页面中的16S应该就能找到，这个菌株好像有6个16S拷贝，不知道这6个拷贝是不是一样，如果不一样，那你要挑哪个分析呢？
为啥不直接用基因组分析呢？
赞一下 回复此楼
3楼2016-12-30 09:59:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lm334723460

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 二十一业 at 2016-12-30 09:59:47
注释里有的
你这个页面如果缓冲完毕，搜索页面中的16S应该就能找到，这个菌株好像有6个16S拷贝，不知道这6个拷贝是不是一样，如果不一样，那你要挑哪个分析呢？
为啥不直接用基因组分析呢？

主要看文献里比对的是16s
我也不知道该选哪个。你有什么建议吗？其实这是我第一次处理16s的数据。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2016-12-30 11:04:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

二十一业

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by lm334723460 at 2016-12-30 11:04:14
主要看文献里比对的是16s
我也不知道该选哪个。你有什么建议吗？其实这是我第一次处理16s的数据。
...

都拿出来一起比看看有区别没
赞一下 回复此楼
5楼2017-01-03 13:07:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lm334723460 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 346求调剂 一志愿070303有机化学 +6 萝卜炖青菜 2026-03-28 7/350 2026-03-30 16:30 by herarysara
[考研] 070300化学354求调剂 +7 101次希望 2026-03-28 7/350 2026-03-30 13:22 by Iveryant
[考研] 085701求调剂初试286分 +5 secret0328 2026-03-28 5/250 2026-03-30 12:54 by fangnagu
[考研] 求调剂，一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +6 @taotao 2026-03-26 7/350 2026-03-30 10:43 by 我是小康
[考研] 348求调剂 +6 小懒虫不懒了 2026-03-28 6/300 2026-03-30 10:29 by Evan_Liu
[考研] 一志愿北京工业大学，324分求调剂 +6 零八# 2026-03-28 6/300 2026-03-29 21:20 by nanaliuyun
[考研] 一志愿郑州大学，080500学硕，总分317分求调剂 +8 举个栗子oi 2026-03-24 9/450 2026-03-29 13:08 by peike
[考研] 305求调剂 +8 RuiFairyrui 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:22 by fmesaito
[考研] 压国家一区线，求导师收留，有恩必谢！ +7 迷人的哈哈 2026-03-28 7/350 2026-03-28 16:47 by 催化大白
[考研] 复试调剂 +3 raojunqi0129 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:27 by 落睿可思
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +8 邱gl 2026-03-27 8/400 2026-03-28 12:42 by 唐沐儿
[考研] 081200-314 +3 LILIQQ 2026-03-27 4/200 2026-03-28 09:41 by 保护地球你我做�
[考研] 292求调剂 +14 鹅鹅鹅额额额额� 2026-03-25 15/750 2026-03-28 08:45 by WYUMater
[考研] 安徽大学专硕生物与医药专业(086000)324分，英语已过四六级，六级521，求调剂 +4 美味可乐鸡翅 2026-03-26 4/200 2026-03-27 15:27 by 星空星月
[考研] 复试调剂，一志愿南农083200食品科学与工程 +5 XQTJZ 2026-03-26 5/250 2026-03-27 14:49 by 狂炫麦当当
[考研] 求调剂 +3 刘柯@ 2026-03-24 4/200 2026-03-27 11:28 by shangxh
[考研] 一志愿郑大085600，310分求调剂 +5 李潇可 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:14 by 不吃魚的貓
[考研] 求调剂 一志愿 本科 北科大 化学 343 +6 13831862839 2026-03-24 7/350 2026-03-26 22:57 by 不吃魚的貓
[考研] 环境专硕324分求调剂推荐 +5 轩小宁—— 2026-03-26 5/250 2026-03-26 12:05 by i_cooler
[考研] 一志愿武理085500机械专业总分300求调剂 +3 an10101 2026-03-24 7/350 2026-03-25 00:00 by 山鬼0-
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭