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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 如何从细菌complete genome中选出16s序列
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lm334723460

银虫 (小有名气)

[求助] 如何从细菌complete genome中选出16s序列 已有1人参与

比如在NCBI上搜索NC_011586.1  出现1图中的结果。 共有400多万bp，我要怎么处理才能从中找出16s的序列？

如何从细菌complete genome中选出16s序列
1.png@天使托
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1楼 2016-12-30 00:00:12
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lm334723460

银虫 (小有名气)
the bacterial pathogens database including 557 pathogenic species (Table S2) was constructed. All the 16S rRNA gene sequences of the selected bacterial pathogens are publicly available from the NCBI GenBank. The 16S rRNA gene sequences from each sample were blasted against the bacterial pathogens 16S database with an E-value b 1 × 10−10.

我主要想做这个比对。顺便问下我用于比对的序列是OTU的代表序列吗？还是其他每个样品所有的16s序列？
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2楼2016-12-30 00:03:21
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二十一业

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
注释里有的
你这个页面如果缓冲完毕，搜索页面中的16S应该就能找到，这个菌株好像有6个16S拷贝，不知道这6个拷贝是不是一样，如果不一样，那你要挑哪个分析呢？
为啥不直接用基因组分析呢？
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3楼2016-12-30 09:59:47
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lm334723460

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 二十一业 at 2016-12-30 09:59:47
注释里有的
你这个页面如果缓冲完毕，搜索页面中的16S应该就能找到，这个菌株好像有6个16S拷贝，不知道这6个拷贝是不是一样，如果不一样，那你要挑哪个分析呢？
为啥不直接用基因组分析呢？

主要看文献里比对的是16s
我也不知道该选哪个。你有什么建议吗？其实这是我第一次处理16s的数据。

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4楼2016-12-30 11:04:14
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二十一业

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by lm334723460 at 2016-12-30 11:04:14
主要看文献里比对的是16s
我也不知道该选哪个。你有什么建议吗？其实这是我第一次处理16s的数据。
...

都拿出来一起比看看有区别没
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5楼2017-01-03 13:07:25
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