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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】如何冻结一个很大分子的一部分
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小~可

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何冻结一个很大分子的一部分

我想冻结一个很大分子的一部分，然后进行部分优化，该怎么做？由于要冻结的原子数很多，没办法用constant来做，有没有什么简单的方法，望高手解答
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1楼 2008-12-10 16:08:11
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
关注中……
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
2楼2008-12-10 16:13:40
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jjf_sxnu

铜虫 (正式写手)
★ ★
yyx19840628(金币+2,VIP+0):xiexie
You can use "ModRedundant" keyword with "opt". Detail input format can be find in G03 manual.
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3楼2008-12-10 17:07:05
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小~可

木虫 (小有名气)
我现在用直角坐标的形式，在要固定的原子后加上-1，不知道这样行不行的通？望高手指正
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4楼2008-12-10 19:54:00
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yyy291

铁杆木虫 (小有名气)
★
jghe(金币+1,VIP+0):感谢你参与讨论！
象楼上说的一样是可以的
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如果无法忘记，就不要忘记好了，真正的忘记是不需要努力的。
5楼2008-12-11 08:24:24
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lixiaona158

木虫 (著名写手)

自由人
★ ★ ★ ★ ★
yyx19840628(金币+5,VIP+0):谢谢你
给你发个以前发过的帖子，



若若的问一下，用高斯进行几何结构的优化，仅仅想优化结构中的一部分，另外的不想懂，怎么才能冻结不想优化部分的坐标？
谢谢！！！

你用那坐标的话 把想要固定的原子的编号挨在一起比如从1开始到10吧然后在gif文件里面单独拿出来空行放在一起既可以了 下面是例子 我用的
Au
Au                 1              B1
Au                 2              B2    1              A1
X                  1              B3    2              A2    3              D1
S                  4              B4    1              A3    2              D2
Au                 5              B5    4              A4    1              D3
Au                 6              B6    5              A5    4              D4
Au                 7              B7    6              A6    5              D5
X                  6              B8    5              A7    4              D6
S                  9              B9    6              A8    5              D7
C                  5             B10    4              A9    1              D8
C                 11             B11    5             A10    4              D9
C                 11             B12    5             A11    4             D10
C                 12             B13   11             A12    5             D11
H                 12             B14   11             A13    5             D12
C                 13             B15   11             A14    5             D13
H                 13             B16   11             A15    5             D14
C                 14             B17   12             A16   11             D15
H                 14             B18   12             A17   11             D16
H                 16             B19   13             A18   11             D17
C                 11             B20    5             A19    4             D18
C                 21             B21   11             A20    5             D19
C                 21             B22   11             A21    5             D20
C                 22             B23   21             A22   11             D21
H                 22             B24   21             A23   11             D22
C                 23             B25   21             A24   11             D23
H                 23             B26   21             A25   11             D24
C                 24             B27   22             A26   21             D25
H                 24             B28   22             A27   21             D26
H                 26             B29   23             A28   21             D27

   B10            4.61106153
   B11            1.41087840
   B12            1.41100423
   B13            1.38873201
   B14            1.08552646
   B15            1.38870337
   B16            1.08563124
   B17            1.41046588
   B18            1.08552736
   B19            1.08563506
   B20            1.54000000
   B21            1.39482907
   B22            1.39513795
   B23            1.39515999
   B24            1.09961031
   B25            1.39482508
   B26            1.09976099
   B27            1.39471206
   B28            1.09965530
   B29            1.09968011
   A9           178.34777156
   A10           59.22993911
   A11           59.31356490
   A12          120.76041591
   A13          119.36581094
   A14          120.70082955
   A15          119.42637427
   A16          120.70746247
   A17          119.88659986
   A18          119.85620170
   A19          179.56922892
   A20          120.00799706
   A21          119.99197538
   A22          119.99845676
   A23          120.00431982
   A24          120.00470461
   A25          119.98395040
   A26          120.00863255
   A27          119.98077056
   A28          120.02485842
   D8           -89.93559502
   D9           165.32229102
   D10          -15.18742336
   D11            0.34385405
   D12         -179.50199637
   D13           -0.28713697
   D14          179.53921865
   D15           -0.07084502
   D16         -179.83770226
   D17          179.77933479
   D18           80.63753472
   D19         -129.28038592
   D20           50.69390796
   D21          179.98907146
   D22           -0.00554931
   D23          179.98809616
   D24            0.00000000
   D25            0.03255589
   D26          179.95335178
   D27         -179.95632621
   
   B1             2.88400000
   B2             2.88399604
   B3             1.66491059
   B4             2.34100000
   B5            13.21104383
   B6             2.88400004
   B7             2.88399606
   B8             1.66491059
   B9             2.34099930
   A1            60.00004633
   A2            30.00026635
   A3            89.34523900
   A4           172.29638909
   A5            82.46550724
   A6            60.00004484
   A7            81.27649259
   A8            91.62132901
   D1             0.00000000
   D2           -88.57956969
   D3           -12.78993915
   D4          -136.96767706
   D5           -85.59047347
   D6          -167.25582713
   D7            -0.02831854

在＃route中加入 opt=ModRedundant
在坐标后加一空行，接着加
X F  （X是你想要固定的原子的编号, 这些原子的坐标应该用直角坐标）

举个例子吧：

#p b3lyp/sto-3g opt=ModRedundant

BB

0,1
H 0. 0. 0.
H 0. 0. 1.

1 F
2 F


如上是把两个H原子都固定了，
固定键长用
X X F
固定键角用
X X X F
固定二面角用
X X X F

我比较喜欢用在坐标前加－1的方法来固定，很方便。
比如：
0,1
C                    -1   -3.04783   0.02507  -4.04624
C                    -1   -3.87275  -1.283    -4.084
C                    -1   -4.98866  -1.18958  -5.13796
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6楼2008-12-12 08:52:20
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