| 查看: 940 | 回复: 5 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 小~可 的 2 个金币 | |||
小~可木虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助】如何冻结一个很大分子的一部分
|
||
| 我想冻结一个很大分子的一部分，然后进行部分优化，该怎么做？由于要冻结的原子数很多，没办法用constant来做，有没有什么简单的方法，望高手解答 |
回复此楼» 猜你喜欢
夏威夷大学生物胶体与界面实验室诚招全奖博士生和博士后
已经有1人回复
-
已知面上挂了，小学校实验方向无平台，感觉太难了
已经有26人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有96人回复
-
求助立方晶体In(OH)3的CIF卡片
已经有2人回复
-
求助各位大佬，球球了，在这科萨头
已经有0人回复
-
求标准卡片Cu0.4In0.4Zn1.2S2 PDF#32-0340
已经有2人回复
-
量子点电致发光器件（QLED）：蓝光量子点（QDs）和纳米氧化锌电子传输材料
已经有0人回复
-
需要一个圆偏振光诱导化学反应，请问使用圆偏振光作为光源，应该需要哪些设备搭建
已经有0人回复
-
[电子教材]天津大学物理化学（第七版）上、下册
已经有1人回复
-
阴离子交换膜电解二氧化碳还原
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
yyx19840628
木虫 (著名写手)
鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
- 应助: 4 (幼儿园)
- 贵宾: 0.41
- 金币: 3521.9
- 散金: 50
- 红花: 8
- 帖子: 2321
- 在线: 129小时
- 虫号: 508615
- 注册: 2008-02-21
- 性别: MM
- 专业: 环境污染化学
2楼2008-12-10 16:13:40
3楼2008-12-10 17:07:05
小~可
木虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 3677.4
- 散金: 500
- 红花: 2
- 帖子: 269
- 在线: 428.6小时
- 虫号: 349404
- 注册: 2007-04-19
- 性别: GG
- 专业: 功能与智能高分子
4楼2008-12-10 19:54:00
5楼2008-12-11 08:24:24
lixiaona158
木虫 (著名写手)
自由人
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2664.3
- 散金: 160
- 红花: 7
- 帖子: 1583
- 在线: 158.7小时
- 虫号: 473345
- 注册: 2007-12-05
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★
yyx19840628(金币+5,VIP+0):谢谢你
yyx19840628(金币+5,VIP+0):谢谢你
|
给你发个以前发过的帖子， 若若的问一下，用高斯进行几何结构的优化，仅仅想优化结构中的一部分，另外的不想懂，怎么才能冻结不想优化部分的坐标？ 谢谢！！！ 你用那坐标的话 把想要固定的原子的编号挨在一起比如从1开始到10吧然后在gif文件里面单独拿出来空行放在一起既可以了 下面是例子 我用的 Au Au 1 B1 Au 2 B2 1 A1 X 1 B3 2 A2 3 D1 S 4 B4 1 A3 2 D2 Au 5 B5 4 A4 1 D3 Au 6 B6 5 A5 4 D4 Au 7 B7 6 A6 5 D5 X 6 B8 5 A7 4 D6 S 9 B9 6 A8 5 D7 C 5 B10 4 A9 1 D8 C 11 B11 5 A10 4 D9 C 11 B12 5 A11 4 D10 C 12 B13 11 A12 5 D11 H 12 B14 11 A13 5 D12 C 13 B15 11 A14 5 D13 H 13 B16 11 A15 5 D14 C 14 B17 12 A16 11 D15 H 14 B18 12 A17 11 D16 H 16 B19 13 A18 11 D17 C 11 B20 5 A19 4 D18 C 21 B21 11 A20 5 D19 C 21 B22 11 A21 5 D20 C 22 B23 21 A22 11 D21 H 22 B24 21 A23 11 D22 C 23 B25 21 A24 11 D23 H 23 B26 21 A25 11 D24 C 24 B27 22 A26 21 D25 H 24 B28 22 A27 21 D26 H 26 B29 23 A28 21 D27 B10 4.61106153 B11 1.41087840 B12 1.41100423 B13 1.38873201 B14 1.08552646 B15 1.38870337 B16 1.08563124 B17 1.41046588 B18 1.08552736 B19 1.08563506 B20 1.54000000 B21 1.39482907 B22 1.39513795 B23 1.39515999 B24 1.09961031 B25 1.39482508 B26 1.09976099 B27 1.39471206 B28 1.09965530 B29 1.09968011 A9 178.34777156 A10 59.22993911 A11 59.31356490 A12 120.76041591 A13 119.36581094 A14 120.70082955 A15 119.42637427 A16 120.70746247 A17 119.88659986 A18 119.85620170 A19 179.56922892 A20 120.00799706 A21 119.99197538 A22 119.99845676 A23 120.00431982 A24 120.00470461 A25 119.98395040 A26 120.00863255 A27 119.98077056 A28 120.02485842 D8 -89.93559502 D9 165.32229102 D10 -15.18742336 D11 0.34385405 D12 -179.50199637 D13 -0.28713697 D14 179.53921865 D15 -0.07084502 D16 -179.83770226 D17 179.77933479 D18 80.63753472 D19 -129.28038592 D20 50.69390796 D21 179.98907146 D22 -0.00554931 D23 179.98809616 D24 0.00000000 D25 0.03255589 D26 179.95335178 D27 -179.95632621 B1 2.88400000 B2 2.88399604 B3 1.66491059 B4 2.34100000 B5 13.21104383 B6 2.88400004 B7 2.88399606 B8 1.66491059 B9 2.34099930 A1 60.00004633 A2 30.00026635 A3 89.34523900 A4 172.29638909 A5 82.46550724 A6 60.00004484 A7 81.27649259 A8 91.62132901 D1 0.00000000 D2 -88.57956969 D3 -12.78993915 D4 -136.96767706 D5 -85.59047347 D6 -167.25582713 D7 -0.02831854 在＃route中加入 opt=ModRedundant 在坐标后加一空行，接着加 X F （X是你想要固定的原子的编号, 这些原子的坐标应该用直角坐标） 举个例子吧： #p b3lyp/sto-3g opt=ModRedundant BB 0,1 H 0. 0. 0. H 0. 0. 1. 1 F 2 F 如上是把两个H原子都固定了， 固定键长用 X X F 固定键角用 X X X F 固定二面角用 X X X F 我比较喜欢用在坐标前加－1的方法来固定，很方便。 比如： 0,1 C -1 -3.04783 0.02507 -4.04624 C -1 -3.87275 -1.283 -4.084 C -1 -4.98866 -1.18958 -5.13796 |
6楼2008-12-12 08:52:20