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lm334723460

银虫 (小有名气)

[求助] 如何进行如下图片中的细菌病原体比对

RT

如何进行如下图片中的细菌病原体比对
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baichi121234

禁虫 (职业作家)

本帖内容被屏蔽

2楼2016-12-25 23:51:29
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lm334723460

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by baichi121234 at 2016-12-25 23:51:29
blast

你这和没回答有什么区别?

发自小木虫Android客户端
3楼2016-12-26 12:09:42
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Liumengya

木虫 (正式写手)

下载数据库,用local blast比对,e value自己设

发自小木虫Android客户端
4楼2016-12-26 12:15:10
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lm334723460

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Liumengya at 2016-12-26 12:15:10
下载数据库,用local blast比对,e value自己设

local blast是要下载什么软件吗?我在NCBI上没看到

发自小木虫Android客户端
5楼2016-12-26 12:22:55
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Liumengya

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lm334723460 at 2016-12-26 12:22:55
local blast是要下载什么软件吗?我在NCBI上没看到
...

对,下载blast,自己运行

发自小木虫Android客户端
6楼2016-12-26 18:31:41
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lm334723460

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by Liumengya at 2016-12-26 18:31:41
对,下载blast,自己运行
...

在构建database是我要选取的应该只是细菌的16s序列。但是网上的都是完整的序列,我应该怎么选?在NCBI上选coding Sequence 下来的fasta文件中搜索16S ,出现“protein=什么”和involve in the processing of 5'end of 16s rRNA. 这样的我应该选哪个?

发自小木虫Android客户端
7楼2016-12-29 14:51:45
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