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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何进行如下图片中的细菌病原体比对
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lm334723460

银虫 (小有名气)

[求助] 如何进行如下图片中的细菌病原体比对

RT

如何进行如下图片中的细菌病原体比对
小Q截图-20161225232105.png
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1楼 2016-12-25 23:22:11
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baichi121234

禁虫 (职业作家)
本帖内容被屏蔽
2楼2016-12-25 23:51:29
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lm334723460

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by baichi121234 at 2016-12-25 23:51:29
blast

你这和没回答有什么区别？

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3楼2016-12-26 12:09:42
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Liumengya

木虫 (正式写手)
下载数据库，用local blast比对，e value自己设

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4楼2016-12-26 12:15:10
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lm334723460

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Liumengya at 2016-12-26 12:15:10
下载数据库，用local blast比对，e value自己设

local blast是要下载什么软件吗？我在NCBI上没看到

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5楼2016-12-26 12:22:55
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Liumengya

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lm334723460 at 2016-12-26 12:22:55
local blast是要下载什么软件吗？我在NCBI上没看到
...

对，下载blast，自己运行

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6楼2016-12-26 18:31:41
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lm334723460

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Liumengya at 2016-12-26 18:31:41
对，下载blast，自己运行
...

在构建database是我要选取的应该只是细菌的16s序列。但是网上的都是完整的序列，我应该怎么选？在NCBI上选coding Sequence 下来的fasta文件中搜索16S ，出现“protein=什么”和involve in the processing of 5'end of 16s rRNA. 这样的我应该选哪个？

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7楼2016-12-29 14:51:45
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