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shzhu

金虫 (正式写手)

初级

[交流] 【求助】restrained MD 和MD的区别

在文献中老是看到restrained molecular dynamics simulations。依照我的理解(字面的),也就是把分子内的键长或键角或二面角固定。对于restrained  molecular dynamics simulations和molecular dynmaics simulations的区别还是不知道。它们有本质区别吗?对它们间区别的较为全面的理解到底包括哪些呢?谢谢各位!

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-11 at 15:46 ]
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人称没有个性
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛,狼的耳朵,豹的速 ...

具体怎么做呢?或者给篇文献我看看
人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的,轻易地放弃了不该放弃的……
3楼2008-12-09 16:55:51
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★ ★
yyx19840628(金币+3,VIP+0):具体怎么做呢?有没有这方面的文献
restrained  molecular dynamics simulations是为了让溶剂渗入到模拟体系中,从而更加接近真实环境,因为水分子是程序加在模拟体系外周的,这不是真实的情况。而因为restraind MD的目的是为了将水渗入到体系,所以不需要蛋白质动,也就限制了一下蛋白的行为。
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2008-12-09 13:06:59
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shzhu

金虫 (正式写手)

初级

人称没有个性
4楼2008-12-09 18:52:37
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shzhu

金虫 (正式写手)

初级

也就是说,在开始模拟时间段中,部分分子整体上是不动的(运动设限的),其他分子是运动的,然后再模拟整个系统都运动的情况,或者说只是模拟前面的。如果说模拟中只是分子中的某些键之间的运动设限,而整个分子还是在运动的,这种情况不能算是rMD。可以这样理解么?考虑用rMD的出发点除了计算时间上的大优势外,还有什么优点?如果直接使用MD,即所有分子都运动,也能达到同样的结果么?
人称没有个性
5楼2008-12-09 19:08:25
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