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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】restrained MD 和MD的区别
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shzhu

金虫 (正式写手)

初级

[交流] 【求助】restrained MD 和MD的区别

在文献中老是看到restrained molecular dynamics simulations。依照我的理解（字面的），也就是把分子内的键长或键角或二面角固定。对于restrained  molecular dynamics simulations和molecular dynmaics simulations的区别还是不知道。它们有本质区别吗？对它们间区别的较为全面的理解到底包括哪些呢？谢谢各位！

[ Last edited by zdhlover on 2009-12-11 at 15:46 ]
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人称没有个性
1楼 2008-12-09 10:36:31
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
yyx19840628(金币+3,VIP+0):具体怎么做呢?有没有这方面的文献
restrained  molecular dynamics simulations是为了让溶剂渗入到模拟体系中，从而更加接近真实环境，因为水分子是程序加在模拟体系外周的，这不是真实的情况。而因为restraind MD的目的是为了将水渗入到体系，所以不需要蛋白质动，也就限制了一下蛋白的行为。
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2008-12-09 13:06:59
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
具体怎么做呢？或者给篇文献我看看
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
3楼2008-12-09 16:55:51
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shzhu

金虫 (正式写手)

初级
非常感谢两位，文献如：http://www.sciencedirect.com/sci ... 8da22e7f9f52996b803
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人称没有个性
4楼2008-12-09 18:52:37
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shzhu

金虫 (正式写手)

初级
也就是说，在开始模拟时间段中，部分分子整体上是不动的（运动设限的），其他分子是运动的，然后再模拟整个系统都运动的情况，或者说只是模拟前面的。如果说模拟中只是分子中的某些键之间的运动设限，而整个分子还是在运动的，这种情况不能算是rMD。可以这样理解么？考虑用rMD的出发点除了计算时间上的大优势外，还有什么优点？如果直接使用MD，即所有分子都运动，也能达到同样的结果么？
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人称没有个性
5楼2008-12-09 19:08:25
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ahua8405

木虫 (小有名气)
★ ★
erylingjet(金币+2,VIP+0):欢迎交流
我以前用了一下，不过不清楚对不对，限制性动力学就是把部分原子固定，当然这部分原子在动力学运动中是没有很大作用的，动力学运算中就可以节约大量时间，但是对于一些结果是有出入的，而对于一些需要求差值的则没有太大的出入。
也希望高手可以赐教
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6楼2008-12-18 18:35:31
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
gwdavid(金币+4,VIP+0):谢谢！
用限定性的动力学模拟，是为了让整个计算体系在短时间内达到平衡，节省模拟的时间，但是一般做限定性动力学模拟的，并不是在整个模拟时间都做限制，很多只是在模拟的初期做了限制，在后期就把限制放开了。但是并不是说每一个体系上来都可以做限定性的分子动力学，只有那些你已经摸得很熟悉的体系才可以用限定性分子动力学模拟。一点自己的看法，仅供参考。
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7楼2008-12-23 08:10:02
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shzhu

金虫 (正式写手)

初级
我原来以为，把一个分子或分子中的部分基团作刚性处理或相对位置保持不变，而整个分子还是可以在模拟的原胞中不受限的运动的，这样的情况当作rMD。现在看来，是把分子中各原子固定分别在模拟原胞的某位置上或只能在原胞中某位置附近作微小的运动，这样的情况才能称为rMD.
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人称没有个性
8楼2008-12-29 20:21:23
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