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[交流] PCR 在不同个体中扩增效率不一致

请教关于PCR扩增效率问题,如图,左1-9是不同个体,左10是不加DNA的对照,左11是marker。左7在目标位置稍有痕迹,左9没有目的条带。目标长度分别为80bp,160bp。
        引物是半巢式引物,左右个一条引物,中间的引物和左端的引物预期也可以扩增出条带,所以可以看到两条比较明显的带。
        用的酶是Platinum SuperFi Green PCR Master Mix,
        体系为:mix: 5ul,
                      F1:1ul, R1: 1ul,R2:1ul,终浓度均为0.5uM
                      DNA:1ul
                      超纯水补足10ul
         加样过程是先把出DNA外的mix,引物混好,离心分装后加DNA。
        扩增程序是按照说明书来的,应该问题不大,caculated和block模型都用了,两种程序对两条带的浓度有点影响,但都是有的个体扩得出来,有的扩不出来,图示用的是block模型。
       模版也测过浓度,大致都一样,A260/280比2.0稍高,不超过0.1。这里放的只是10个样品的带,还扩了其他个体,不管DNA浓度和A260/280怎么变,都有扩出来的,也有扩不出来的,大概有3/4的个体可以明显地扩出预期的两条带。我一般会把不同的管按横向一字排开,奇怪的是,扩不出来的基本都是边上的个体。
       现在有三点怀疑:1、PCR仪受热不均匀,但是网上搜了很多也没搜到这样的问题,实验室没有别的PCR仪,又不方便去其他实验室做;2、样品本身引物不同品种之间有差别;3、引物和DNA均是用TE溶解,可能会对扩增有影响。希望各位提提建议,谢谢!

PCR 在不同个体中扩增效率不一致
Labuser 2016-12-17 12_11.8_block method_30min.jpg
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假大空

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