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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 周期性边界条件下为什么会出现原子丢失？？？？
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kim orange

新虫 (初入文坛)

[求助] 周期性边界条件下为什么会出现原子丢失？？？？ 已有2人参与

我做的是Ti-Al-Nb的三元体系，PPP周期性边界条件，只是在NVE系综下做弛豫，结果显示原子丢失（in文件如下图）。针对这种情况，我想问两个问题。
1）周期性边界条件不就是为了保证模拟盒子内的粒子数保持不变么，为什么会出现原子丢失？
2）还有，参考文献中的晶体模型是这样的：有Nb-Ti键和Ti-Ti键（下图）；我在MS中建模然后导成data文件，data文件中没有bond信息，只有原子坐标信息。难道是这个原因导致原子丢失么，没有bond的作用，只有pair的相互作用？因为我的单胞晶格常数为a=6.091A,b=9.695A,c=4.706A，里面包含16个原子，就是原子比较密集，原子间距离太小，作用力太大，使原子获得了一个很大的速度，跑出了模拟盒子？
望大家一起交流讨论，谢谢！

周期性边界条件下为什么会出现原子丢失？？？？
in.PNG


周期性边界条件下为什么会出现原子丢失？？？？-1
model.PNG
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加油everything！
1楼 2016-12-16 13:26:54
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

体系不稳定，或者初始构型没有松弛好。
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2楼2016-12-19 16:23:08
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

第一，确保体系晶格常数基本正确。第二，做弛豫要用NVT或者NPT系综，不要用NVE系综。第三，尝试减小步长。第四，输出温度，压强，盒子大小等信息，分析结果。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2016-12-19 17:51:56
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csutzk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by brucefan at 2016-12-19 17:51:56
第一，确保体系晶格常数基本正确。第二，做弛豫要用NVT或者NPT系综，不要用NVE系综。第三，尝试减小步长。第四，输出温度，压强，盒子大小等信息，分析结果。
...

弛豫是都不能用NVE？还是说用其他的会好一些？我做了一个关于球摩擦的用的NVE，没什么问题呀？
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4楼2016-12-20 10:32:34
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

一般来说，需要先控温或者控温且控压。达到目标温度和压强后可撤去热浴压浴。一开始就用NVE系综的做法我是没见过。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2016-12-20 17:39:36
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kim orange

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by brucefan at 2016-12-19 17:51:56
第一，确保体系晶格常数基本正确。第二，做弛豫要用NVT或者NPT系综，不要用NVE系综。第三，尝试减小步长。第四，输出温度，压强，盒子大小等信息，分析结果。
...

我现在使用NPT系综弛豫，并减小了步长，从0.001改为0.0005。但在run一步后，仍有原子丢失，尽管丢失的原子数减少了，只有两个原子丢失。。。。。
请问该怎么办
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加油everything！
6楼2016-12-20 22:46:17
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