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kim orange

新虫 (初入文坛)

[求助] 周期性边界条件下为什么会出现原子丢失???? 已有2人参与

我做的是Ti-Al-Nb的三元体系,PPP周期性边界条件,只是在NVE系综下做弛豫,结果显示原子丢失(in文件如下图)。针对这种情况,我想问两个问题。
1)周期性边界条件不就是为了保证模拟盒子内的粒子数保持不变么,为什么会出现原子丢失?
2)还有,参考文献中的晶体模型是这样的:有Nb-Ti键和Ti-Ti键(下图);我在MS中建模然后导成data文件,data文件中没有bond信息,只有原子坐标信息。难道是这个原因导致原子丢失么,没有bond的作用,只有pair的相互作用?因为我的单胞晶格常数为a=6.091A,b=9.695A,c=4.706A,里面包含16个原子,就是原子比较密集,原子间距离太小,作用力太大,使原子获得了一个很大的速度,跑出了模拟盒子?
望大家一起交流讨论,谢谢!

周期性边界条件下为什么会出现原子丢失????
in.PNG


周期性边界条件下为什么会出现原子丢失????-1
model.PNG
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加油everything!
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

体系不稳定,或者初始构型没有松弛好。
2楼2016-12-19 16:23:08
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

第一,确保体系晶格常数基本正确。第二,做弛豫要用NVT或者NPT系综,不要用NVE系综。第三,尝试减小步长。第四,输出温度,压强,盒子大小等信息,分析结果。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2016-12-19 17:51:56
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csutzk

木虫 (小有名气)


引用回帖:
3楼: Originally posted by brucefan at 2016-12-19 17:51:56
第一,确保体系晶格常数基本正确。第二,做弛豫要用NVT或者NPT系综,不要用NVE系综。第三,尝试减小步长。第四,输出温度,压强,盒子大小等信息,分析结果。
...

弛豫是都不能用NVE?还是说用其他的会好一些?我做了一个关于球摩擦的用的NVE,没什么问题呀?
4楼2016-12-20 10:32:34
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

一般来说,需要先控温或者控温且控压。达到目标温度和压强后可撤去热浴压浴。一开始就用NVE系综的做法我是没见过。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2016-12-20 17:39:36
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kim orange

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by brucefan at 2016-12-19 17:51:56
第一,确保体系晶格常数基本正确。第二,做弛豫要用NVT或者NPT系综,不要用NVE系综。第三,尝试减小步长。第四,输出温度,压强,盒子大小等信息,分析结果。
...

我现在使用NPT系综弛豫,并减小了步长,从0.001改为0.0005。但在run一步后,仍有原子丢失,尽管丢失的原子数减少了,只有两个原子丢失。。。。。
请问该怎么办
加油everything!
6楼2016-12-20 22:46:17
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