| 查看: 729 | 回复: 5 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】amber99中的非键参数问题
|
|||
|
对于amber99力场中CT原子类型的非键参数存在两个版本，在tinker软件中为vdw 1 1.9080 0.1094，这个与原始文献一致！在gromacs中为amber99_11 CT 0.0000 0.0000 A 3.39967e-01 4.57730e-01，其中1.9080和3.39967e-01是指sigma值，而0.1094和4.557730e-01是指epsilon值，对于epsilon我知道这两个不同的数值是怎么转化的，前者是kcal/mol,后者是kj/mol,两者之间差了4.184的倍数关系。但是对于sigma值我就不理解了，它们之间是通过什么转化的？它们的单位都是“埃”啊！请高手们指教！谢谢！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:47 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
26年申博自荐-计算机视觉
已经有4人回复
-
考博
已经有4人回复
-
药化及相关博士的申请
已经有3人回复
-
一篇MDPI论文改变了学习工作和生活
已经有4人回复
-
一个化合物的合成路线：CAS:367929-02-0 名称：8β-乙烯基雌二醇
已经有4人回复
-
中国地质大学（北京）博士招生补录，数理学院材料科学与工程专业和材料与化工专业
已经有3人回复
-
收到国自然专家邀请后几年才会有本子送过来评
已经有3人回复
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
|
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ ... idas/vdwtables.html RVDW = R*/2^(1/6) 另外，Gromacs都是用的标准单位，所以是nm，不是A。另外还差一个2，可能也是因为方程不同导致的 |
4楼2008-12-16 18:05:07
yyx19840628
木虫 (著名写手)
鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
- 应助: 4 (幼儿园)
- 贵宾: 0.41
- 金币: 3521.9
- 散金: 50
- 红花: 8
- 帖子: 2321
- 在线: 129小时
- 虫号: 508615
- 注册: 2008-02-21
- 性别: MM
- 专业: 环境污染化学
2楼2008-12-08 17:06:14
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 鼓励新人
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 鼓励新人
|
经过仔细比较r*=r(opls)/2 * 2^(1/6) 对 2^(1/6) 的解释很容易。但是对于系数2的差异尽管看起来很奇怪，但是可以从http://www.csb.yale.edu/userguid ... AutoDock_305.a.html 中发现端倪。那就是在AMBER中，r*_ij=r*_i+r*_j， 而不是oplsaa中用到的的r*_ij=（r*_i+r*_j）/2 |
6楼2008-12-17 11:52:23