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【求助】amber99中的非键参数问题
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对于amber99力场中CT原子类型的非键参数存在两个版本，在tinker软件中为vdw 1 1.9080 0.1094，这个与原始文献一致！在gromacs中为amber99_11 CT 0.0000 0.0000 A 3.39967e-01 4.57730e-01，其中1.9080和3.39967e-01是指sigma值，而0.1094和4.557730e-01是指epsilon值，对于epsilon我知道这两个不同的数值是怎么转化的，前者是kcal/mol,后者是kj/mol,两者之间差了4.184的倍数关系。但是对于sigma值我就不理解了，它们之间是通过什么转化的？它们的单位都是“埃”啊！请高手们指教！谢谢！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:47 ] |
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http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ ... idas/vdwtables.html RVDW = R*/2^(1/6) 另外，Gromacs都是用的标准单位，所以是nm，不是A。另外还差一个2，可能也是因为方程不同导致的 |
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 鼓励新人
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经过仔细比较r*=r(opls)/2 * 2^(1/6) 对 2^(1/6) 的解释很容易。但是对于系数2的差异尽管看起来很奇怪，但是可以从http://www.csb.yale.edu/userguid ... AutoDock_305.a.html 中发现端倪。那就是在AMBER中，r*_ij=r*_i+r*_j， 而不是oplsaa中用到的的r*_ij=（r*_i+r*_j）/2 |
6楼2008-12-17 11:52:23
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