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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用AutoDock处理配体的时候出现以下问题怎么办？求大神，本人小白
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liuzihui

新虫 (初入文坛)

[求助] 用AutoDock处理配体的时候出现以下问题怎么办？求大神，本人小白 已有1人参与

1.  ligand——> Torsion Tree——>Detect root 时出现了以下错误
Sorry, there are no Gasteiger parameters available for atom Nickel Semisepulchrates: :   0:NI17
Sorry, there are no Gasteiger parameters available for atom Nickel Semisepulchrates: :   0:NI17
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\autotorsCommands.py", line 2389, in doit
    mol.LPO.autoroot()
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 929, in autoroot
    self.RBM.autoroot()
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 2139, in autoroot
    if not b.leaf:
AttributeError: Bond instance has no attribute 'leaf'
2. 放弃寻找root后想直接存为pdbqt文件时又出现以下错误
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\autotorsCommands.py", line 1374, in doit
    mol.LPO.write(filename)
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 888, in write
    self.writer.write(mol, outputfilename)
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 1073, in write
    ligand.torscount = len(ligand.allAtoms.bonds[0].get(lambda x:x.activeTors))
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\MolKit\tree.py", line 622, in get
    result = filter(selectionString, self.data)
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 1073, in <lambda>
    ligand.torscount = len(ligand.allAtoms.bonds[0].get(lambda x:x.activeTors))
AttributeError: Bond instance has no attribute 'activeTors'

配体pdb文件已上传求大神帮忙，指点迷津，拜托
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Food Science
1楼 2016-12-12 11:11:57
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
配体结构中有金属原子或者配位建吗，都没有的话，可以直接保存成pdbqt
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2016-12-13 13:11:00
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liuzihui

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2016-12-13 13:11:00
配体结构中有金属原子或者配位建吗，都没有的话，可以直接保存成pdbqt

有金属Ni 和 六个配位键
赞一下 回复此楼
Food Science
3楼2016-12-14 14:47:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

成事想心

铁虫 (初入文坛)
请问楼主解决这样问题了吗？我的配体中有金属离子，也是保存不了，求助，感谢
赞一下 回复此楼
4楼2020-09-13 18:55:01
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吃书少年

铜虫 (小有名气)
Nickel的电荷没有正确指定，一般配体中有金属原子的话，autodock不能正确的自动添加电荷，需要手动修改pdbqt文件

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2020-09-13 23:19:49
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