应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 用AutoDock处理配体的时候出现以下问题怎么办？求大神，本人小白
51/1返回列表
查看: 5109  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

liuzihui

新虫 (初入文坛)

[求助] 用AutoDock处理配体的时候出现以下问题怎么办？求大神，本人小白 已有1人参与

1.  ligand——> Torsion Tree——>Detect root 时出现了以下错误
Sorry, there are no Gasteiger parameters available for atom Nickel Semisepulchrates: :   0:NI17
Sorry, there are no Gasteiger parameters available for atom Nickel Semisepulchrates: :   0:NI17
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\autotorsCommands.py", line 2389, in doit
    mol.LPO.autoroot()
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 929, in autoroot
    self.RBM.autoroot()
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 2139, in autoroot
    if not b.leaf:
AttributeError: Bond instance has no attribute 'leaf'
2. 放弃寻找root后想直接存为pdbqt文件时又出现以下错误
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\autotorsCommands.py", line 1374, in doit
    mol.LPO.write(filename)
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 888, in write
    self.writer.write(mol, outputfilename)
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 1073, in write
    ligand.torscount = len(ligand.allAtoms.bonds[0].get(lambda x:x.activeTors))
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\MolKit\tree.py", line 622, in get
    result = filter(selectionString, self.data)
  File "E:\Autodock\lib\site-packages\AutoDockTools\MoleculePreparation.py", line 1073, in <lambda>
    ligand.torscount = len(ligand.allAtoms.bonds[0].get(lambda x:x.activeTors))
AttributeError: Bond instance has no attribute 'activeTors'

配体pdb文件已上传求大神帮忙，指点迷津，拜托
回复此楼

» 猜你喜欢
Food Science
1楼 2016-12-12 11:11:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
配体结构中有金属原子或者配位建吗，都没有的话，可以直接保存成pdbqt
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2016-12-13 13:11:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuzihui

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2016-12-13 13:11:00
配体结构中有金属原子或者配位建吗，都没有的话，可以直接保存成pdbqt

有金属Ni 和 六个配位键
赞一下 回复此楼
Food Science
3楼2016-12-14 14:47:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

成事想心

铁虫 (初入文坛)
请问楼主解决这样问题了吗？我的配体中有金属离子，也是保存不了，求助，感谢
赞一下 回复此楼
4楼2020-09-13 18:55:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

吃书少年

铜虫 (小有名气)
Nickel的电荷没有正确指定，一般配体中有金属原子的话，autodock不能正确的自动添加电荷，需要手动修改pdbqt文件

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
5楼2020-09-13 23:19:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liuzihui 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +4 瞬息宇宙 2026-08-31 4/200 2026-09-01 14:58 by jiaoxg
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 15/750 2026-09-01 12:23 by icm639
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭