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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » pwscf计算能带出错
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Amersly

新虫 (小有名气)

[求助] pwscf计算能带出错已有2人参与

QE自带的Si示例是可以运行的 但是我自己建的mos2运行却一直出现如下错误：
########################################
# WARNING: there are pending errors
# PENDING ERROR (ierr=1)
# ERROR IN: iotk_open_write (iotk_files.f90:341)
# CVS Revision: 1.20
# Error opening file
unit=90000
file=/home/luyaosong/espresso/pseudo/.x
binary=F
new=F
iostat=2
# FROM IOTK LIBRARY, VERSION 1.2.0
# UNRECOVERABLE ERROR (ierr=3)
# ERROR IN: iotk_getline (iotk_scan.f90:947)
# CVS Revision: 1.23
#
iostat=5001
# ERROR IN: iotk_scan_tag (iotk_scan.f90:593)
# CVS Revision: 1.23
# ERROR IN: iotk_scan (iotk_scan.f90:821)
# CVS Revision: 1.23
# ERROR IN: iotk_scan_end (iotk_scan.f90:241)
# CVS Revision: 1.23
# foundl
########################################################################################################################
对于第一个错误 iotk_open 一直不知道问题出在哪里 望大家可以提示一下！
下面两个错误 看到其他虫友讨论说是只装了 IFORT未安装ICC，所以正在下载，不知道能否解决！
跪求大家帮忙！！
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1楼2016-12-08 12:21:46
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souledge

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
# Error opening file
unit=90000
file=/home/luyaosong/espresso/pseudo/.x
binary=F
new=F
iostat=2

确定输入文件都没有错？
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思想重于技巧，内涵重于表象
2楼2016-12-08 15:24:30
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souledge

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Amersly(漫天飘雪代发): 金币+2, 谢谢交流 2016-12-10 20:36:47
引用回帖:
3楼: Originally posted by Amersly at 2016-12-09 16:03:46
输入文件如下：
&CONTROL
                 calculation = 'scf' ,
                 restart_mode  = 'from_scratch',
                      outdir = '/home/luyaosong/QE/qe-6.0/bin/mos2/' ,
      ...

不要把outdir和pseudo_dir放在一起，计算时程序会自动将pseudo_dir中的赝势文件拷贝到outdir中，如果在一起，会将原有的赝势删除并且留个空文件。
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6楼2016-12-10 00:23:45
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souledge

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Amersly at 2016-12-10 15:03:49
我又重装了下openmpi 刚才的错误没有 但是并行编译的时候仍有原来的错误：
重新安装openmpi后并行编译 仍出错
############################################################################################# ...

请详述OpenMPI的安装过程和安装目录（安装过程包括版本号，configure的命令，make和make install的具体命令以及参数，还有安装后对OpenMPI的设置，比如有没有添加什么目录到环境变量或者~/.bashrc）。
或者，可以考虑换配置上更加简单点的MPICH2，然后重新编译QE。
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思想重于技巧，内涵重于表象
9楼2016-12-10 15:16:55
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souledge

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by Amersly at 2016-12-10 15:37:42
openmpi安装：
1 下载至download目录 然后在~/下新建并解压至openmpi-1.10.2文件夹tar zxvf openmpi-1.10.2.tar.gz；
2 进入安装文件目录
      cd openmpi-1.10.2
3 使用configure配置，prefix指定安装目录， ...

./configure --prefix=/opt/openmpi-165 CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort
export MPI_HOME=/opt/openmpi-1.10.2
确定只是因为抄袭的问题，本身并没有写错么？
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11楼2016-12-10 15:47:44
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souledge

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

第一处错误，出现在iotk_files.f90的这里：
CODE:
    open(unit=unit,file=file,status=status,form=form,position="rewind",iostat=iostat,action="write")
    if(iostat/=0) then
      call iotk_error_issue(ierrl,"iotk_open_write",__FILE__,__LINE__)
      call iotk_error_msg(ierrl,"CVS Revision: 1.20 ")
      call iotk_error_msg(ierrl,'Error opening file')
      call iotk_error_write(ierrl,"unit",unit)
      call iotk_error_write(ierrl,"file",file)
      call iotk_error_write(ierrl,"binary",lbinary)
      call iotk_error_write(ierrl,"new",lnew)
      call iotk_error_write(ierrl,"iostat",iostat)

存在这个错误，说明需要打开的文件没有被正确打开，导致iostat非零。
第二个错误虽然发生在iotk_scan.f90，但是与第一个问题非常类似：
CODE:
  read(unit,"(a)",iostat=iostat) buffer
  if(iostat/=0) then
    call iotk_error_issue(ierrl,"iotk_getline",__FILE__,__LINE__)
    call iotk_error_msg(ierrl,"CVS Revision: 1.23 ")
    call iotk_error_msg(ierrl,'')
    call iotk_error_write(ierrl,"iostat",iostat)
    goto 2
  end if

这次是发生在读取文件的数据段时，报错。如果我们认为它们是相互关联的，那么基本就是说，从一开头打开文件就没对，后面的也甭说了……
所以，现在看起来不是OpenMPI的问题，而且QE自带例子没有问题的前提下，我们至少还需要如下信息来做筛选：
QE的编译方式（使用什么编译器，有没有什么特别的编译参数，编译过程有没有出现诡异的错误提示）
QE在什么时候出错（做什么任务，进行到哪一步出错，所有的贋势文件等都保证没有问题，同一个QE在多核和单核运行，也就是不使用mpirun调用时是否有报错差异）
QE安装在了什么地方，当前计算的又是什么地方，有没有权限不匹配的问题（比如缺乏写权限）
除了这一个任务外，是否尝试过其他任务；如果做其他的任务，是否会出一样的错误。
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思想重于技巧，内涵重于表象
16楼2016-12-10 20:19:58
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