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pwscf计算能带出错已有2人参与
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QE自带的Si示例是可以运行的 但是我自己建的mos2运行却一直出现如下错误： ######################################## # WARNING: there are pending errors # PENDING ERROR (ierr=1) # ERROR IN: iotk_open_write (iotk_files.f90:341) # CVS Revision: 1.20 # Error opening file unit=90000 file=/home/luyaosong/espresso/pseudo/.x binary=F new=F iostat=2 # FROM IOTK LIBRARY, VERSION 1.2.0 # UNRECOVERABLE ERROR (ierr=3) # ERROR IN: iotk_getline (iotk_scan.f90:947) # CVS Revision: 1.23 # iostat=5001 # ERROR IN: iotk_scan_tag (iotk_scan.f90:593) # CVS Revision: 1.23 # ERROR IN: iotk_scan (iotk_scan.f90:821) # CVS Revision: 1.23 # ERROR IN: iotk_scan_end (iotk_scan.f90:241) # CVS Revision: 1.23 # foundl ######################################################################################################################## 对于第一个错误 iotk_open 一直不知道问题出在哪里 望大家可以提示一下！ 下面两个错误 看到其他虫友讨论说是只装了 IFORT未安装ICC，所以正在下载，不知道能否解决！ 跪求大家帮忙！！ |
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souledge
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【答案】应助回帖
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第一处错误，出现在iotk_files.f90的这里： 存在这个错误，说明需要打开的文件没有被正确打开，导致iostat非零。 第二个错误虽然发生在iotk_scan.f90，但是与第一个问题非常类似： 这次是发生在读取文件的数据段时，报错。如果我们认为它们是相互关联的，那么基本就是说，从一开头打开文件就没对，后面的也甭说了…… 所以，现在看起来不是OpenMPI的问题，而且QE自带例子没有问题的前提下，我们至少还需要如下信息来做筛选： QE的编译方式（使用什么编译器，有没有什么特别的编译参数，编译过程有没有出现诡异的错误提示） QE在什么时候出错（做什么任务，进行到哪一步出错，所有的贋势文件等都保证没有问题，同一个QE在多核和单核运行，也就是不使用mpirun调用时是否有报错差异） QE安装在了什么地方，当前计算的又是什么地方，有没有权限不匹配的问题（比如缺乏写权限） 除了这一个任务外，是否尝试过其他任务；如果做其他的任务，是否会出一样的错误。 |
16楼2016-12-10 20:19:58
souledge
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2楼2016-12-08 15:24:30
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输入文件如下： &CONTROL calculation = 'scf' , restart_mode = 'from_scratch', outdir = '/home/luyaosong/QE/qe-6.0/bin/mos2/' , pseudo_dir = '/home/luyaosong/QE/qe-6.0/bin/mos2/' , prefix = 'mos2' , / &SYSTEM ibrav = 4, celldm(1) = 5.9716, celldm(3) = 12, nat = 3, ntyp = 2, ecutwfc = 50, ecutrho = 410, nbnd = 8, exxdiv_treatment = 'gygi-baldereschi' , / &ELECTRONS conv_thr = 1.0d-10 , / ATOMIC_SPECIES Mo 95.94 Mo.pz-spn-rrkjus_psl.0.2.UPF S 32.066 S.pz-n-rrkjus_psl.0.1.UPF ATOMIC_POSITIONS (alat) S 0.500000000 0.288675130 1.974192764 Mo 0.000000000 0.577350270 2.462038339 S 0.000000000 -0.577350270 2.950837559 K_POINTS automatic 16 16 1 0 0 0 求指点！ |
3楼2016-12-09 16:03:46
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
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我也做过这个，&control calculation = 'relax', prefix='MoS2', pseudo_dir='/home/ g/Code/espresso-5.1.1/pseudo' outdir = './tmp', nstep = 200, tstress = .true., tprnfor = .true., etot_conv_thr = 1.0D-4, forc_conv_thr = 1.0D-3, / &system ibrav= 4, celldm(1) = 5.97153455363, celldm(3)= 10, nat= 3, ntyp= 2, ecutwfc = 80.0, ecutrho = 600, occupations = 'smearing', smearing = 'gaussian', degauss = 1.d-8, / &electrons conv_thr = 1.d-10 / &ions ion_dynamics = 'bfgs' / &cell cell_dynamics = 'bfgs' / ATOMIC_SPECIES Mo 95.94 Mo.pbe-spn-kjpaw_psl.0.3.0.UPF S 32.065 S.pbe-n-kjpaw_psl.0.1.UPF ATOMIC_POSITIONS S 0.00 0.57735026919 3.4982879746835 Mo 0.00 0.00000000000 4.00000000000 S 0.00 0.57735026919 4.5017120253165 K_POINTS automatic 15 15 1 0 0 0 这是我的优化文件，你看一下吧，自洽在另一个电脑上不方便，优化和自洽也差不多，你对比一下吧 |
4楼2016-12-09 17:47:39