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周先森回家了金虫 (著名写手)
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CINEB跑了500步不收敛
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CINEB计算过渡态，我先介绍一下我的体系：初态是2-戊烯分子吸附在beta分子筛上，如图IS所示，双键的两个碳原子为标为C2 C3，酸性位上的H标为1，O标为4，另外一个O标为5，整个的反应过程是H1吸附在C3原子上，C2 C3之间的双键断开，C2原子与O5成键，末态如图FS所示。我的过渡态插入了5个点，初末态距离是6.9多，跑了500步目前还没有收敛，slurm文件最后的步数如第一个图所示，感觉是出问题了，01-05是我插入的构型的结构，现在我怀疑是不是插入的构型不正确，就拿04构型来说，C2是不饱和的，是不是需要在MS里面把C2 C3之间的键设置成partial double bond呢？（尝试着设置了一下，设不成呢怎么）图中的是单键，还是说就这样就可以，真心希望能得到做相似体系或者懂得的大神给指点一下，不胜感激！ slurm.png  IS.png  FS.png  01.png  02.png  03.png  04.png  05.png |
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【答案】应助回帖
蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2016-12-13 08:35:37
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末态结构有问题 H1的位置应该在下面 (从B酸上去的) 此外初末距离6.9有点偏大 最好控制在4以内比较好 可以先进行低精度优化 便于收敛 发自小木虫Android客户端 |
16楼2016-12-10 23:50:38
jackjiejl
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17楼2016-12-10 23:53:17
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2楼2016-12-07 21:36:11
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3楼2016-12-07 21:36:20
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4楼2016-12-07 21:36:27
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5楼2016-12-07 21:36:52
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10楼2016-12-09 09:40:55