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周先森回家了

金虫 (著名写手)
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尽自己最大的努力朝着正确的方向去做，远离拖延症~（2016-12-12）
11楼2016-12-09 14:25:58
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周先森回家了

金虫 (著名写手)
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12楼2016-12-09 14:26:09
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金虫 (著名写手)
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13楼2016-12-09 14:26:18
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周先森回家了

金虫 (著名写手)
这是修改之后的初态构型
CINEB跑了500步不收敛
chu.png
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14楼2016-12-10 17:29:48
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周先森回家了

金虫 (著名写手)
这是猜测的第二种初态构型，双键与底面平行，不知道这个和前一个哪个好些
CINEB跑了500步不收敛-1
di.png
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15楼2016-12-10 21:49:47
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jackjiejl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2016-12-13 08:35:37
末态结构有问题   H1的位置应该在下面 (从B酸上去的)  此外初末距离6.9有点偏大  最好控制在4以内比较好    可以先进行低精度优化 便于收敛

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16楼2016-12-10 23:50:38
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jackjiejl

木虫 (小有名气)
个人觉得还是你第一种吸附态(类似平行孔道)稍微好点

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17楼2016-12-10 23:53:17
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周先森回家了

金虫 (著名写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by jackjiejl at 2016-12-10 23:50:38
末态结构有问题   H1的位置应该在下面 (从B酸上去的)  此外初末距离6.9有点偏大  最好控制在4以内比较好    可以先进行低精度优化 便于收敛

恩恩，我打算再重新修改一下初末态。对于末态，我就直接在初态的构型上面去改，把C2C3的双键变成单键，H4吸附到C3上，C2与O5成键，但是会把二者之间的距离缩小一些，总体让吸附质的构型不太变，然后拿去优化，因为我觉得这样的话，初末态构型不至于会相差太大，第一次构建的那个初末态距离14点多，修改了之后是现在的6.9多，我也是想把这个距离尽量缩小一些，可是尝试了好几种构型，最小的还是6.9多，请问这个建模的时候有什么好的方法能使这个距离小一些吗？谢谢啦
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18楼2016-12-11 11:26:36
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周先森回家了

金虫 (著名写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by jackjiejl at 2016-12-10 23:50:38
末态结构有问题   H1的位置应该在下面 (从B酸上去的)  此外初末距离6.9有点偏大  最好控制在4以内比较好    可以先进行低精度优化 便于收敛

我一开始使用的精度是EDIFFG=-0.05 EDIFF=10E-4 ISIF=3 插入了5个点，您看这个设置还行吗
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19楼2016-12-11 11:31:46
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周先森回家了

金虫 (著名写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by jackjiejl at 2016-12-10 23:53:17
个人觉得还是你第一种吸附态(类似平行孔道)稍微好点

我看到了您之前算分子筛吸附的时候用的AEI分子筛，您是不是用的48T的簇模型？我从MS中导入的时候是第一个图的样子，我想问一下是怎么建成的48T模型？是不是把第一个图的周期性单元做出来，像第二个图一样，然后再把多于的删掉，可是这样直接删又不行，是先优化完了再删掉多于的吗？请指点，谢谢了！
CINEB跑了500步不收敛-2
AEI.png


CINEB跑了500步不收敛-3
重复性单元.png
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20楼2016-12-11 16:40:30
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