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周先森回家了

金虫 (著名写手)

自己顶
尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
11楼2016-12-09 14:25:58
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周先森回家了

金虫 (著名写手)

自己顶
尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
12楼2016-12-09 14:26:09
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周先森回家了

金虫 (著名写手)

自己顶
尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
13楼2016-12-09 14:26:18
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周先森回家了

金虫 (著名写手)

这是修改之后的初态构型
CINEB跑了500步不收敛
chu.png

尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
14楼2016-12-10 17:29:48
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周先森回家了

金虫 (著名写手)

这是猜测的第二种初态构型,双键与底面平行,不知道这个和前一个哪个好些
CINEB跑了500步不收敛-1
di.png

尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
15楼2016-12-10 21:49:47
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jackjiejl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2016-12-13 08:35:37
末态结构有问题   H1的位置应该在下面 (从B酸上去的)  此外初末距离6.9有点偏大  最好控制在4以内比较好    可以先进行低精度优化 便于收敛

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加油
16楼2016-12-10 23:50:38
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jackjiejl

木虫 (小有名气)

个人觉得还是你第一种吸附态(类似平行孔道)稍微好点

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17楼2016-12-10 23:53:17
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周先森回家了

金虫 (著名写手)

引用回帖:
16楼: Originally posted by jackjiejl at 2016-12-10 23:50:38
末态结构有问题   H1的位置应该在下面 (从B酸上去的)  此外初末距离6.9有点偏大  最好控制在4以内比较好    可以先进行低精度优化 便于收敛

恩恩,我打算再重新修改一下初末态。对于末态,我就直接在初态的构型上面去改,把C2C3的双键变成单键,H4吸附到C3上,C2与O5成键,但是会把二者之间的距离缩小一些,总体让吸附质的构型不太变,然后拿去优化,因为我觉得这样的话,初末态构型不至于会相差太大,第一次构建的那个初末态距离14点多,修改了之后是现在的6.9多,我也是想把这个距离尽量缩小一些,可是尝试了好几种构型,最小的还是6.9多,请问这个建模的时候有什么好的方法能使这个距离小一些吗?谢谢啦
尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
18楼2016-12-11 11:26:36
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周先森回家了

金虫 (著名写手)

引用回帖:
16楼: Originally posted by jackjiejl at 2016-12-10 23:50:38
末态结构有问题   H1的位置应该在下面 (从B酸上去的)  此外初末距离6.9有点偏大  最好控制在4以内比较好    可以先进行低精度优化 便于收敛

我一开始使用的精度是EDIFFG=-0.05 EDIFF=10E-4 ISIF=3 插入了5个点,您看这个设置还行吗
尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
19楼2016-12-11 11:31:46
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周先森回家了

金虫 (著名写手)

引用回帖:
17楼: Originally posted by jackjiejl at 2016-12-10 23:53:17
个人觉得还是你第一种吸附态(类似平行孔道)稍微好点

我看到了您之前算分子筛吸附的时候用的AEI分子筛,您是不是用的48T的簇模型?我从MS中导入的时候是第一个图的样子,我想问一下是怎么建成的48T模型?是不是把第一个图的周期性单元做出来,像第二个图一样,然后再把多于的删掉,可是这样直接删又不行,是先优化完了再删掉多于的吗?请指点,谢谢了!
CINEB跑了500步不收敛-2
AEI.png


CINEB跑了500步不收敛-3
重复性单元.png

尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
20楼2016-12-11 16:40:30
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