24小时热门版块排行榜    

查看: 2861  |  回复: 31
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

周先森回家了

金虫 (著名写手)

[求助] CINEB跑了500步不收敛

CINEB计算过渡态,我先介绍一下我的体系:初态是2-戊烯分子吸附在beta分子筛上,如图IS所示,双键的两个碳原子为标为C2 C3,酸性位上的H标为1,O标为4,另外一个O标为5,整个的反应过程是H1吸附在C3原子上,C2 C3之间的双键断开,C2原子与O5成键,末态如图FS所示。我的过渡态插入了5个点,初末态距离是6.9多,跑了500步目前还没有收敛,slurm文件最后的步数如第一个图所示,感觉是出问题了,01-05是我插入的构型的结构,现在我怀疑是不是插入的构型不正确,就拿04构型来说,C2是不饱和的,是不是需要在MS里面把C2 C3之间的键设置成partial double bond呢?(尝试着设置了一下,设不成呢怎么)图中的是单键,还是说就这样就可以,真心希望能得到做相似体系或者懂得的大神给指点一下,不胜感激!

CINEB跑了500步不收敛
slurm.png


CINEB跑了500步不收敛-1
IS.png


CINEB跑了500步不收敛-2
FS.png


CINEB跑了500步不收敛-3
01.png


CINEB跑了500步不收敛-4
02.png


CINEB跑了500步不收敛-5
03.png


CINEB跑了500步不收敛-6
04.png


CINEB跑了500步不收敛-7
05.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

周先森回家了

金虫 (著名写手)

这是修改之后的初态构型
CINEB跑了500步不收敛-8
chu.png

尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
14楼2016-12-10 17:29:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 32 个回答

周先森回家了

金虫 (著名写手)

这是我在算的过程中查看3次的结果,
CINEB跑了500步不收敛-9
1.png


CINEB跑了500步不收敛-10
2.png


CINEB跑了500步不收敛-11
3.png

尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
9楼2016-12-09 09:16:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

周先森回家了

金虫 (著名写手)

第一个离子步
CINEB跑了500步不收敛-12
slum.png

尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
10楼2016-12-09 09:40:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 11:51 by xiangy672
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +6 雨打竹帘 2026-08-30 10/500 2026-08-31 09:29 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
信息提示
请填处理意见