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周先森回家了

金虫 (著名写手)

[求助] CINEB跑了500步不收敛

CINEB计算过渡态,我先介绍一下我的体系:初态是2-戊烯分子吸附在beta分子筛上,如图IS所示,双键的两个碳原子为标为C2 C3,酸性位上的H标为1,O标为4,另外一个O标为5,整个的反应过程是H1吸附在C3原子上,C2 C3之间的双键断开,C2原子与O5成键,末态如图FS所示。我的过渡态插入了5个点,初末态距离是6.9多,跑了500步目前还没有收敛,slurm文件最后的步数如第一个图所示,感觉是出问题了,01-05是我插入的构型的结构,现在我怀疑是不是插入的构型不正确,就拿04构型来说,C2是不饱和的,是不是需要在MS里面把C2 C3之间的键设置成partial double bond呢?(尝试着设置了一下,设不成呢怎么)图中的是单键,还是说就这样就可以,真心希望能得到做相似体系或者懂得的大神给指点一下,不胜感激!

CINEB跑了500步不收敛
slurm.png


CINEB跑了500步不收敛-1
IS.png


CINEB跑了500步不收敛-2
FS.png


CINEB跑了500步不收敛-3
01.png


CINEB跑了500步不收敛-4
02.png


CINEB跑了500步不收敛-5
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CINEB跑了500步不收敛-6
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CINEB跑了500步不收敛-7
05.png
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尽自己最大的努力朝着正确的方向去做,远离拖延症~(2016-12-12)
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jackjiejl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

蛋蛋小童鞋: 应助指数+1 2016-12-13 08:35:37
末态结构有问题   H1的位置应该在下面 (从B酸上去的)  此外初末距离6.9有点偏大  最好控制在4以内比较好    可以先进行低精度优化 便于收敛

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加油
16楼2016-12-10 23:50:38
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jackjiejl

木虫 (小有名气)

个人觉得还是你第一种吸附态(类似平行孔道)稍微好点

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加油
17楼2016-12-10 23:53:17
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周先森回家了

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2楼2016-12-07 21:36:11
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3楼2016-12-07 21:36:20
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4楼2016-12-07 21:36:27
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5楼2016-12-07 21:36:52
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6楼2016-12-07 21:37:01
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7楼2016-12-07 21:37:09
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8楼2016-12-07 22:11:06
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周先森回家了

金虫 (著名写手)

这是我在算的过程中查看3次的结果,
CINEB跑了500步不收敛-8
1.png


CINEB跑了500步不收敛-9
2.png


CINEB跑了500步不收敛-10
3.png

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9楼2016-12-09 09:16:49
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周先森回家了

金虫 (著名写手)

第一个离子步
CINEB跑了500步不收敛-11
slum.png

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10楼2016-12-09 09:40:55
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