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chemzhuhb

木虫 (小有名气)

[交流] 求助B类错误!

PLAT417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D       H3A    ..  H5A     ..       1.08 Ang.

这个错误可能是由于无序或加氢错误引发的。

由于H5A是羧基O5上的氢,由于我这个羧酸是手性羧酸,我怀疑这个氢应该加在这个羧基的O4上。
不知道我的猜测对不对,如果是这样,请问如何将O5上的氢去掉,而将氢加在O4上呢。
另外,还有两个G类错误,顺带请教学习下:
PLAT860_ALERT_3_G Note: Number of Least-Squares Restraints .......          2  
PLAT720_ALERT_4_G Number of Unusual/Non-Standard Labels ..........          1
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chemzhuhb

木虫 (小有名气)

受教了,谢谢!

O4旁没有可以加氢的峰。
可是我该如何解释这个B类错误呢?
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2008-12-6 10:59:
这个要看你的具体数据.
如果你的数据很好, 则可以相信差Fourier图得到的氢.
你现在的情况是不是O4旁没有可以加为氢的峰?

羟基是不是和O5形成分子间氢键? 如果是, 则氢的位置在两个氧之间大一定距离内变化, 形 ...

5楼2008-12-06 12:21:14
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


waiy2001(金币+1,VIP+0):谢谢解答
两个氢实际上是一个, 要删掉其中的一个就好了. (其实真实情况可能是部分在H3A, 部分在H5A, 是统计分布的)
当然, 如果电荷不平衡, 要从别的地方找一个.

PLAT860_ALERT_3_G Note: Number of Least-Squares Restraints .......          2  
用了2个restrains,  自动产生的, 不用管

PLAT720_ALERT_4_G Number of Unusual/Non-Standard Labels ..........          1
有写原子名plation不喜欢, 不如H1WA之类的, 改一下名就好了.
xi2004-emuch@163.com
2楼2008-12-05 22:58:11
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chemzhuhb

木虫 (小有名气)

Xi2004,先感谢一下。


G类两个错误给我回答的很清楚了。
但对B类错误的解答,我还有些疑问。

我的手性酸是手性苹果酸,H3A是是羟基上的氢,H5A是羧基上的氢。H3A和H5A是统计分布的吗,我不太理解。
如果说H5A在羧基的两个氧统计分布,这个是可以理解。
如果这个酸是非手性的,那么我觉得H5A在羧基的两个氧统计分布概率是等同的。但如果酸是手性的,由于立体环境的不对称,H5A可能会偏向分布在羧基的其中一个氧上。所以我才猜测B类错误是由于羧基氧上的氢加错引起的。欢迎继续指正。

言归正传,我希望知道如何将O5上的氢去掉,而将O4上加上氢(O4,O5为同一羧基的两个氧)。

再次感谢xi2004的帮助。
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2008-12-5 22:58:
两个氢实际上是一个, 要删掉其中的一个就好了. (其实真实情况可能是部分在H3A, 部分在H5A, 是统计分布的)
当然, 如果电荷不平衡, 要从别的地方找一个.

PLAT860_ALERT_3_G Note: Number of Least-Squares Res ...

3楼2008-12-06 10:23:35
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


warlen(金币+1,VIP+0):多谢应助!
这个要看你的具体数据.
如果你的数据很好, 则可以相信差Fourier图得到的氢.
你现在的情况是不是O4旁没有可以加为氢的峰?

羟基是不是和O5形成分子间氢键? 如果是, 则氢的位置在两个氧之间大一定距离内变化, 形成统计是很正常的吧?
羧基氧哪个有氢, 还要看C-O的距离.
xi2004-emuch@163.com
4楼2008-12-06 10:59:17
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