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山脚下的喵

新虫 (小有名气)

[交流] 热图--聚类分析

最近在看文献时，遇到了疑问。

请问大家在做聚类分析的时候，所有的基因组应该是一起测定的么，如果用了下载的转录组，那还有比较的意义么？
下图是文章里的，只有Vm和Vp是文章中自己测定的转录组，另外12个是别的真菌里的。我没在文章中看到这12个真菌是从哪里下载的，所以有点疑问。里面用到了SMURF把次生代谢基因和基因簇识别出来，用tribeMCL 把蛋白组聚集成家族。表示自己不会用，不知道这些会比对到别的真菌中相应蛋白的表达量么？

有点啰嗦，先谢谢大家~~

热图--聚类分析
图片1.png
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1楼 2016-12-02 11:25:35
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君恋多

新虫 (小有名气)
★
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这个图是不同真菌基因组细胞壁降解蛋白的比较，并没有涉及到转录组。网上下载的转录组也可以比较，但是必须是在相同的条件下。

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12楼2016-12-02 13:57:52
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ZLQJIAYOU

新虫 (初入文坛)
★
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每一行表示基因，左右两侧都是基因名吗？

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13楼2019-11-24 10:16:25
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高亚茹

新虫 (初入文坛)
★
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请问有大神使用过SMURF吗？
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14楼2020-01-01 16:42:57
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