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qac

金虫 (正式写手)

[交流] 问生物的朋友们一个问题

如果想知道某种蛋白质的结构式,应该去哪里查呢,比如,albumin白蛋白,卵清蛋白,蚕丝蛋白,木瓜蛋白酶等等
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opq691

荣誉版主 (知名作家)

小木虫酱油店店主

优秀版主


qac(金币+1,VIP+0):谢谢!我只想知道大致的结构,比如分子有多大,主要基团是什么
蛋白质没有简单的结构式,都是大分子,生物化学书上有,可以看书
▄︻┳═一*▄︻┳═一*众里寻虫千百度,蓦然回首,虫在酱油坛深处!▄︻┳═一*▄︻┳═一*
2楼2008-12-04 18:42:13
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zlp322

铜虫 (初入文坛)


qac(金币+1,VIP+0):谢谢,可是我不知道氨基酸序列,只知道蛋白质的名字不可以吗
如果你知道蛋白的氨基酸序列的话可以先去可以去NCBI blastp(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAS ... &SEARCH_NAME=bp) 上面进行序列对比,找到相似的蛋白质,再进入RCSB PDB(http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do)查找前人已测得的蛋白结构。
3楼2008-12-04 21:49:53
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zlp322

铜虫 (初入文坛)

★ ★
qac(金币+2,VIP+0):非常感谢!如果想看整个大蛋白的结构,有什么方法么
也可以,但是前人已测得的蛋白质氨基酸序列一般都只是你所说的“木瓜蛋白酶”“蚕丝蛋白”等大分子蛋白中的某个亚基,也就是只是其中的一部分序列。
4楼2008-12-05 20:25:05
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zlp322

铜虫 (初入文坛)


qac(金币+1,VIP+0):谢谢,还是这里好人多啊
先找到该蛋白的英文名,比如木瓜蛋白酶为Papain,在NCBI Entrez中的搜索框中输入,选择搜索结果中的Protein就可以得到序列了。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entr ... mp;doptcmdl=GenPept
5楼2008-12-06 09:00:03
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shawcat

木虫 (正式写手)

可以从ncbi下载序列后,用软件分析,NTI好像就可以。不过现在蛋白的结构准确知道的还不是h很多。
6楼2008-12-06 10:22:46
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zlp322

铜虫 (初入文坛)

软件分析意义不大,要不还要多维核磁共振测蛋白三维结构干嘛!
7楼2008-12-06 17:47:45
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gwen6356

铁虫 (小有名气)

NCBI,然后用软件分析
8楼2008-12-06 21:52:11
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qac

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zlp322 at 2008-12-6 09:00:
先找到该蛋白的英文名,比如木瓜蛋白酶为Papain,在NCBI Entrez中的搜索框中输入,选择搜索结果中的Protein就可以得到序列了。([url]http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Protein&cmd=Search& ...

这个就是它的序列吧
         1 mamipsiskl lfvaiclfvy mglsfgdfsi vgysqndlts terliqlfes wmlkhnkiyk
       61 nidekiyrfe ifkdnlkyid etnkknnsyw lglnvfadms ndefkekytg siagnyttte
      121 lsyeevlndg dvnipeyvdw rqkgavtpvk nqgscgscwa fsavvtiegi ikirtgnlne
      181 yseqelldcd rrsygcnggy pwsalqlvaq ygihyrntyp yegvqrycrs rekgpyaakt
      241 dgvrqvqpyn egallysian qpvsvvleaa gkdfqlyrgg ifvgpcgnkv dhavaavgyg
      301 pnyiliknsw gtgwgengyi rikrgtgnsy gvcglytssf ypvkn

表示有300多个氨基酸这么排列构成的序列吧?
9楼2008-12-06 22:12:14
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qac

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by shawcat at 2008-12-6 10:22:
可以从ncbi下载序列后,用软件分析,NTI好像就可以。不过现在蛋白的结构准确知道的还不是h很多。

谢谢,金币设置少了,没法给你加金币了,板主在的话来帮个忙吧?
10楼2008-12-06 22:13:29
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