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jondan

木虫 (著名写手)

[求助] HSE 计算能带时提示segmentation fault? 已有1人参与

用HSE06计算磁性元素的能带时,前面的PBE和HSE计算都没报错,计算能带时出错,而且是跑完第四个电子步时出错。计算态密度都不会出错。机子128G的。

running on   12 nodes
distr:  one band on    1 nodes,   12 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found type information on POSCAR  
POSCAR found :  4 types and   16 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew

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|      Your generating k-point grid is not commensurate to the symmetry       |
|      of the lattice.  This can cause   slow convergence with respect        |
|      to k-points for HF type calculations                                   |
|      suggested SOLUTIONS:                                                   |
|       ) if not already the case, use automatic k-point generation           |
|       ) shift your grid to Gamma (G) (e.g. required for hex or fcc lattice) |
|                                                                             |
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POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1     0.587893065932E+04    0.58789E+04   -0.18099E+05 21396   0.551E+03
DAV:   2     0.176374237326E+04   -0.41152E+04   -0.40139E+04 15300   0.180E+03
DAV:   3     0.427760916563E+03   -0.13360E+04   -0.12970E+04 16956   0.432E+02
DAV:   4     0.161401825874E+03   -0.26636E+03   -0.24833E+03 16176   0.213E+02
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mpirun noticed that process rank 8 with PID 5971 on node node14 exited on signal 11 (Segmentation fault).
--------------------------------------------------------------------------
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hello
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漫天飘雪

版主 (知名作家)

认真做事,踏实做人

感觉像是内存不够了
http://blog.sciencenet.cn/u/pfliu89
2楼2016-11-27 19:31:58
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
像是内存溢出,可能不是物理内存大小的问题,你在环境变量中解除内存限制,或者在编译vasp的时候加个关键词就可了
3楼2016-11-27 23:32:23
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wobure

新虫 (小有名气)

根据本人经验,应该不是内存问题。
hse wavecar的读取及k点是要对应的。要么就读取charge画能带。
4楼2016-11-28 07:38:46
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jondan

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wobure at 2016-11-28 07:38:46
根据本人经验,应该不是内存问题。
hse wavecar的读取及k点是要对应的。要么就读取charge画能带。

同意wobure的回复,我感觉也不是内存问题,实时监控内存没超过50G(小于我的124G)。
1 hse wavecar的读取及k点是要对应的?  K点不是上一步HSE的IBZKPT加权重为0的高对称点组成吗?怎么对应?
2 要么就读取charge画能带?直接读取HSE产生的电荷按照正常的非自洽直接计算吗?
hello
5楼2016-11-28 09:56:37
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jondan

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by jondan at 2016-11-28 09:56:37
同意wobure的回复,我感觉也不是内存问题,实时监控内存没超过50G(小于我的124G)。
1 hse wavecar的读取及k点是要对应的?  K点不是上一步HSE的IBZKPT加权重为0的高对称点组成吗?怎么对应?
2 要么就读取char ...

he WAVECAR file was read sucessfully 也是直接退出   无法进入主循环

还是这个错误

distr:  one band on    1 nodes,   12 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found type information on POSCAR   
POSCAR found :  4 types and   16 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew

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|      Your generating k-point grid is not commensurate to the symmetry       |
|      of the lattice.  This can cause   slow convergence with respect        |
|      to k-points for HF type calculations                                   |
|      suggested SOLUTIONS:                                                   |
|       ) if not already the case, use automatic k-point generation           |
|       ) shift your grid to Gamma (G) (e.g. required for hex or fcc lattice) |
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found WAVECAR, reading the header
  number of k-points has changed, file:     6 present:    48
  trying to continue reading WAVECAR, but it might fail
WAVECAR: different cutoff or change in lattice found
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
the WAVECAR file was read sucessfully
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 6 with PID 3122 on node node18 exited on signal 11 (Segmentation fault).
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hello
6楼2016-11-28 10:20:49
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wobure

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by jondan at 2016-11-28 09:56:37
同意wobure的回复,我感觉也不是内存问题,实时监控内存没超过50G(小于我的124G)。
1 hse wavecar的读取及k点是要对应的?  K点不是上一步HSE的IBZKPT加权重为0的高对称点组成吗?怎么对应?
2 要么就读取char ...

把你算能带这一步的kpoints放到上一步HSE计算,就可以直接得到能带了。
7楼2016-11-29 00:07:00
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祝福
8楼2016-11-29 02:15:13
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jondan

木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by wobure at 2016-11-29 00:07:00
把你算能带这一步的kpoints放到上一步HSE计算,就可以直接得到能带了。...

我是这样的    感觉是编译问题   真头疼       怎样给你评分啊?你没选择应助啊
hello
9楼2016-11-29 11:56:23
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wobure

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by jondan at 2016-11-29 11:56:23
我是这样的    感觉是编译问题   真头疼       怎样给你评分啊?你没选择应助啊...

你是非线性计算? 一般不是编译问题吧。你试下这两步吧:
1)用relax的自动kpoints,开hse,非线性,提交计算几秒,得到IBZKPT后退出任务;
2)用刚得到的IBZKPT作为KPOINTS,并加入你想画能带的k点,权重设为0.重新提交计算。

跳过前面的pbe,hse,不读取wavecar。试试吧,不行我就不知道了,哈哈。
没分就没分吧^^
10楼2016-11-30 00:53:39
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