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obaica

禁言 (著名写手)

1ST强帖: 4
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帖子: 1501
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虫号: 1779996

[资源] linux下超详细教程安装phonopy

参考资料：
（1） http://blog.csdn.net/txcokokok/article/details/42178889
（2） http://blog.sina.com.cn/s/blog_86e874d30102vvdd.html
（3） http://muchong.com/html/201208/4874998.html

phonopy安装：
第一步：准备文件
1、python-3.6  (https://www.python.org/downloads/source/)
2、numpy-1.11.2  (http://www.scipy.org/scipylib/download.html)
3、lxml-3.6.4  (http://lxml.de/)
4、matplotlib-1.5.0  (https://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/)
5、PyYAML-3.12  (http://pyyaml.org/)
6、phonopy-1.11.0 (https://sourceforge.net/projects/phonopy/)
第二步：安装Python-3.6.0b3.tar.xz
 tar xvf Python-3.6.0b3.tar.xz
 cd Python-3.6
 ./configure --prefix= /home/…/phonopy/Python-3.6/build
（在python解压目录事先新建build目录，省略部分根据每个人电脑而定）
 make
 make install
设置环境变量
 vi  ~/.bashrc
在.bashrc文件末尾加入：
 export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/lib
export PATH=$PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/bin
export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6:$PATH
 source  ~/.bashrc
测试
 命令行输入python3.6，若成功会出现（避免和系统自带/usr/bin混淆）
Python 3.6.0b3 (default, Nov  6 2016, 02:12:05)
[GCC 4.9.3] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>
第三步：安装numpy-1.11.2.tar.gz
 tar xzvf numpy-1.11.2.tar.gz
 cd numpy-1.11.2
 cp site.cfg.example site.cfg
 vi site.cfg：
 修改文件中如下所示部分：
# [mkl]
# library_dirs = /opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/32/
# lapack_libs = mkl_lapack
# mkl_libs = mkl, guide
注意：mkl前面的注释一定要去掉，此外，左端不能留空格。
 修改后的如下（根据实际情况修改）：
[mkl]
library_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64
include_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/include
lapack_libs = mkl_lapack95_lp64
mkl_libs = mkl_def,mkl_intel_lp64,mkl_intel_thread,mkl_core,guide,iomp5
（最后一行逗号为英文输入法下面的）
 python3.6 setup.py build --help-fcompiler  查看下可用的编译器，结果发现--fcompiler=intelem可用
 python3.6 setup.py build --fcompiler=intelem
 python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pymodule
（pymodule是自己在python解压目录下新建的numpy安装目录）
 vi  ~/.bashrc 添加下面内容：
PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib
/python"
export PYTHONPATH
export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/bin:$PATH
export PYTHONPATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/lib/python
 source  ~/.bashrc
让python知道到哪里去找模块
 测试python是否能够调用numpy：
 cd .. (退出 numpy的目录）
这一步一定要做，不然会出错， ImportError: Error importing numpy.
 输入：python3.6 进入python界面
 import numpy
执行 numpy 看是否出错

第四步：安装lxml-3.6.4.tgz
 tar xzvf lxml-3.6.4.tgz
 cd lxml-3.6.4
 vi  ~/.bashrc 添加下面内容：
PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/lxml/lib
/python"
（lxml是自己在python解压目录下新建的lxml安装目录）
 source  ~/.bashrc
 python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/lxml

第五步：安装matplotlib-1.5.0.tar.gz
 tar xzvf matplotlib-1.5.0.tar.gz
 cd matplotlib-1.5.0
 vi  ~/.bashrc 添加下面内容：
PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/matplotlib /lib/python"
（matplotlib是自己在python解压目录下新建的matplotlib安装目录）
 source  ~/.bashrc
 python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/ matplotlib

第六步：安装PyYAML-3.12.tar.gz
 tar xzvf PyYAML-3.12.tar.gz
 cd PyYAML-3.12
 vi  ~/.bashrc 添加下面内容：
PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pyyaml/lib
/python"
（pyyaml是自己在python解压目录下新建的pyyaml安装目录）
 source  ~/.bashrc
 python3.6 setup.py test
 python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pyyaml

第七步：安装phonopy-1.11.0.tar.gz
 tar xzvf phonopy-1.11.0.tar.gz
 cd phonopy-1.11.0
 python3.6 setup.py install
 把/home/…/phonopy/phonopy-1.11.0/build/scripts-3.6的phonopy拷贝到usr/bin
测试
 在phonopy目录下命令行输入phonopy：
结果显示：

  _ __ | |__ ___  _ __ ___ _ __  _ _
| '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_ \| | | |
| |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_) | |_| |
| .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_) .__/ \__, |
|_|                         |_| |___/
                                    1.11.0

Crystal structure file of POSCAR (default file name) could not be found.
  ___ _ __ _ __ ___  _ __
/ _ \ '__| '__/ _ \| '__|
|  __/ |  | | | (_) | |
\___|_|  |_|  \___/|_|

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附件 1 : linux下超详细教程安装phonopy.pdf

2016-11-26 15:10:07, 483.96 K

1楼 2016-11-26 15:10:11

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obaica

禁言 (著名写手)

obaica: 回帖置顶 2016-11-26 18:03:43

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2楼2016-11-26 18:02:51

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湮灭算符

金虫 (初入文坛)

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在线: 66.4小时
虫号: 1988291

另外，您这里是不是有误，应该是export PYTHONPATH 而不是PATH 因为安装numpy的时候它会要求安装路径在PYTHONPATH里

%$372)HG3}P`SQ@JUL48~RH.png

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25楼2017-02-17 20:28:40

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湮灭算符

金虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2105.4
帖子: 50
在线: 66.4小时
虫号: 1988291

楼主您好，很感谢您的分享，我在安装numpy的时候有这个错误，麻烦指教

K1Z$4}GD8MFWYSN{%GS_E`8.png

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24楼2017-02-17 20:23:15

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740786384

铜虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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帖子: 10
在线: 32.8小时
虫号: 5166762

★★★ 三星级,支持鼓励

楼主，我的phonopy版本过低该怎么升级，官网上也没有找到，是需要全部重新安装吗？

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26楼2017-02-20 09:15:09

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浪子323

新虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 45
帖子: 91
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虫号: 5201732

楼主，我在第二不卡住了，输进去不正确，第一步就错了
Pyhon3.6 setup.py build --help-fcompiler 查看下可用的编译器，结果发现--fcompiler=intelem可用
python3.6 setup.py build --fcompiler=intelem
python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pymodule

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38楼2017-04-18 20:55:25

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Wangjk11

银虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 440.2
帖子: 133
在线: 24.9小时
虫号: 4454112

★★★★★ 五星级,优秀推荐

多谢楼主

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8楼2017-01-05 23:34:18

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zyl666

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

14楼2017-02-02 18:26:26

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窦政科

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 48
帖子: 22
在线: 148.1小时
虫号: 5065517

非常感谢

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19楼2017-02-12 09:36:59

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窦政科

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 48
帖子: 22
在线: 148.1小时
虫号: 5065517

★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主，您好，我是新手，刚接触Linux，我安装phonopy用的就是您的教程，不过我在安装Python3.6时到最后测试的时候出现如下图的错误，说是没有readline模块，您可以帮我看看吗?谢谢

QQ图片20170212164654.jpg

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20楼2017-02-12 16:55:48

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obaica

禁言 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

21楼2017-02-12 17:09:25

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obaica

禁言 (著名写手)

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27楼2017-02-20 09:37:30

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obaica

禁言 (著名写手)

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28楼2017-02-20 09:38:08

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obaica

禁言 (著名写手)

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29楼2017-02-20 09:38:24

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浪子323

新虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 45
帖子: 91
在线: 252.1小时
虫号: 5201732

★★★★★ 五星级,优秀推荐

这是我处理的结果，求指点

mmexport1492522689539.jpg

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39楼2017-04-18 21:41:16

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enzoso

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
帖子: 1
在线: 23分钟
虫号: 7542682

在安装第一步的时候 ./configure --prefix= /home/…/phonopy/Python-3.6/build 这句命令显示权限不够 TT 怎么解决

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48楼2017-12-04 20:08:25

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Upp_peter3楼

2016-12-20 21:09 回复

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Upp_peter4楼

2016-12-20 21:25 回复

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小虫虫LG5楼

2016-12-20 21:38 回复

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lxf小默6楼

2016-12-27 23:02 回复

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golddigger7楼

2016-12-27 23:23 回复

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hhgds9楼

2017-01-06 15:47 回复

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有何不可琼10楼

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dongtingwang11楼

2017-01-14 21:27 回复

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wangyanwei2512楼

2017-01-19 10:57 回复

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wangyanwei2513楼

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golddigger15楼

2017-02-04 19:34 回复

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golddigger16楼

2017-02-04 19:41 回复

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lion_tiger17楼

2017-02-09 11:13 回复

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lion_tiger18楼

2017-02-09 11:22 回复

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wangwenju22楼

2017-02-12 17:45 回复

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湮灭算符23楼

2017-02-17 20:18 回复

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洛栾小子30楼

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qing_quan31楼

2017-03-10 01:36 回复

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huleii32楼

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tingl34楼

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或许可以36楼

2017-04-15 23:04 回复

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lzl818137楼

2017-04-16 14:45 回复

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冯亚娟40楼

2017-04-19 11:04 回复

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luxia021041楼

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杨风柳动42楼

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zhang889662343楼

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雁儿霏霏47楼

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吕小强强49楼

2017-12-09 15:25 回复

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ok1231550楼

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