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obaica

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[资源] linux下超详细教程安装phonopy

参考资料：
（1） http://blog.csdn.net/txcokokok/article/details/42178889
（2） http://blog.sina.com.cn/s/blog_86e874d30102vvdd.html
（3） http://muchong.com/html/201208/4874998.html

phonopy安装：
第一步：准备文件
1、python-3.6  (https://www.python.org/downloads/source/)
2、numpy-1.11.2  (http://www.scipy.org/scipylib/download.html)
3、lxml-3.6.4  (http://lxml.de/)
4、matplotlib-1.5.0  (https://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/)
5、PyYAML-3.12  (http://pyyaml.org/)
6、phonopy-1.11.0 (https://sourceforge.net/projects/phonopy/)
第二步：安装Python-3.6.0b3.tar.xz
 tar xvf Python-3.6.0b3.tar.xz
 cd Python-3.6
 ./configure --prefix= /home/…/phonopy/Python-3.6/build
（在python解压目录事先新建build目录，省略部分根据每个人电脑而定）
 make
 make install
设置环境变量
 vi  ~/.bashrc
在.bashrc文件末尾加入：
 export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/lib
export PATH=$PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/bin
export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6:$PATH
 source  ~/.bashrc
测试
 命令行输入python3.6，若成功会出现（避免和系统自带/usr/bin混淆）
Python 3.6.0b3 (default, Nov  6 2016, 02:12:05)
[GCC 4.9.3] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>
第三步：安装numpy-1.11.2.tar.gz
 tar xzvf numpy-1.11.2.tar.gz
 cd numpy-1.11.2
 cp site.cfg.example site.cfg
 vi site.cfg：
 修改文件中如下所示部分：
# [mkl]
# library_dirs = /opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/32/
# lapack_libs = mkl_lapack
# mkl_libs = mkl, guide
注意：mkl前面的注释一定要去掉，此外，左端不能留空格。
 修改后的如下（根据实际情况修改）：
[mkl]
library_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64
include_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/include
lapack_libs = mkl_lapack95_lp64
mkl_libs = mkl_def,mkl_intel_lp64,mkl_intel_thread,mkl_core,guide,iomp5
（最后一行逗号为英文输入法下面的）
 python3.6 setup.py build --help-fcompiler  查看下可用的编译器，结果发现--fcompiler=intelem可用
 python3.6 setup.py build --fcompiler=intelem
 python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pymodule
（pymodule是自己在python解压目录下新建的numpy安装目录）
 vi  ~/.bashrc 添加下面内容：
PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib
/python"
export PYTHONPATH
export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/bin:$PATH
export PYTHONPATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/lib/python
 source  ~/.bashrc
让python知道到哪里去找模块
 测试python是否能够调用numpy：
 cd .. (退出 numpy的目录）
这一步一定要做，不然会出错， ImportError: Error importing numpy.
 输入：python3.6 进入python界面
 import numpy
执行 numpy 看是否出错

第四步：安装lxml-3.6.4.tgz
 tar xzvf lxml-3.6.4.tgz
 cd lxml-3.6.4
 vi  ~/.bashrc 添加下面内容：
PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/lxml/lib
/python"
（lxml是自己在python解压目录下新建的lxml安装目录）
 source  ~/.bashrc
 python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/lxml

第五步：安装matplotlib-1.5.0.tar.gz
 tar xzvf matplotlib-1.5.0.tar.gz
 cd matplotlib-1.5.0
 vi  ~/.bashrc 添加下面内容：
PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/matplotlib /lib/python"
（matplotlib是自己在python解压目录下新建的matplotlib安装目录）
 source  ~/.bashrc
 python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/ matplotlib

第六步：安装PyYAML-3.12.tar.gz
 tar xzvf PyYAML-3.12.tar.gz
 cd PyYAML-3.12
 vi  ~/.bashrc 添加下面内容：
PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pyyaml/lib
/python"
（pyyaml是自己在python解压目录下新建的pyyaml安装目录）
 source  ~/.bashrc
 python3.6 setup.py test
 python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pyyaml

第七步：安装phonopy-1.11.0.tar.gz
 tar xzvf phonopy-1.11.0.tar.gz
 cd phonopy-1.11.0
 python3.6 setup.py install
 把/home/…/phonopy/phonopy-1.11.0/build/scripts-3.6的phonopy拷贝到usr/bin
测试
 在phonopy目录下命令行输入phonopy：
结果显示：

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                                    1.11.0

Crystal structure file of POSCAR (default file name) could not be found.
  ___ _ __ _ __ ___  _ __
/ _ \ '__| '__/ _ \| '__|
|  __/ |  | | | (_) | |
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