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linux下超详细教程安装phonopy
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参考资料： （1） http://blog.csdn.net/txcokokok/article/details/42178889 （2） http://blog.sina.com.cn/s/blog_86e874d30102vvdd.html （3） http://muchong.com/html/201208/4874998.html phonopy安装： 第一步：准备文件 1、python-3.6 (https://www.python.org/downloads/source/) 2、numpy-1.11.2 (http://www.scipy.org/scipylib/download.html) 3、lxml-3.6.4 (http://lxml.de/) 4、matplotlib-1.5.0 (https://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/) 5、PyYAML-3.12 (http://pyyaml.org/) 6、phonopy-1.11.0 (https://sourceforge.net/projects/phonopy/) 第二步：安装Python-3.6.0b3.tar.xz tar xvf Python-3.6.0b3.tar.xz cd Python-3.6 ./configure --prefix= /home/…/phonopy/Python-3.6/build （在python解压目录事先新建build目录，省略部分根据每个人电脑而定） make make install 设置环境变量 vi ~/.bashrc 在.bashrc文件末尾加入： export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/lib export PATH=$PATH:/home/…/phonopy/Python-3.6/build/bin export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6:$PATH source ~/.bashrc 测试 命令行输入python3.6，若成功会出现（避免和系统自带/usr/bin混淆） Python 3.6.0b3 (default, Nov 6 2016, 02:12:05) [GCC 4.9.3] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> 第三步：安装numpy-1.11.2.tar.gz tar xzvf numpy-1.11.2.tar.gz cd numpy-1.11.2 cp site.cfg.example site.cfg vi site.cfg： 修改文件中如下所示部分： # [mkl] # library_dirs = /opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/32/ # lapack_libs = mkl_lapack # mkl_libs = mkl, guide 注意：mkl前面的注释一定要去掉，此外，左端不能留空格。 修改后的如下（根据实际情况修改）： [mkl] library_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64 include_dirs = /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/include lapack_libs = mkl_lapack95_lp64 mkl_libs = mkl_def,mkl_intel_lp64,mkl_intel_thread,mkl_core,guide,iomp5 （最后一行逗号为英文输入法下面的） python3.6 setup.py build --help-fcompiler 查看下可用的编译器，结果发现--fcompiler=intelem可用 python3.6 setup.py build --fcompiler=intelem python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pymodule （pymodule是自己在python解压目录下新建的numpy安装目录） vi ~/.bashrc 添加下面内容： PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pymodule/lib /python" export PYTHONPATH export PATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/bin:$PATH export PYTHONPATH=/home/…/phonopy/Python-3.6/pymodule/lib/python source ~/.bashrc 让python知道到哪里去找模块 测试python是否能够调用numpy： cd .. (退出 numpy的目录） 这一步一定要做，不然会出错， ImportError: Error importing numpy. 输入：python3.6 进入python界面 import numpy 执行 numpy 看是否出错 第四步：安装lxml-3.6.4.tgz tar xzvf lxml-3.6.4.tgz cd lxml-3.6.4 vi ~/.bashrc 添加下面内容： PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/lxml/lib /python" （lxml是自己在python解压目录下新建的lxml安装目录） source ~/.bashrc python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/lxml 第五步：安装matplotlib-1.5.0.tar.gz tar xzvf matplotlib-1.5.0.tar.gz cd matplotlib-1.5.0 vi ~/.bashrc 添加下面内容： PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/matplotlib /lib/python" （matplotlib是自己在python解压目录下新建的matplotlib安装目录） source ~/.bashrc python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/ matplotlib 第六步：安装PyYAML-3.12.tar.gz tar xzvf PyYAML-3.12.tar.gz cd PyYAML-3.12 vi ~/.bashrc 添加下面内容： PYTHONPATH="${PYTHONPATH}:/home/…/phonopy/Python3.6/pyyaml/lib /python" （pyyaml是自己在python解压目录下新建的pyyaml安装目录） source ~/.bashrc python3.6 setup.py test python3.6 setup.py install --home=Python3.6解压目录/pyyaml 第七步：安装phonopy-1.11.0.tar.gz tar xzvf phonopy-1.11.0.tar.gz cd phonopy-1.11.0 python3.6 setup.py install 把/home/…/phonopy/phonopy-1.11.0/build/scripts-3.6的phonopy拷贝到usr/bin 测试 在phonopy目录下命令行输入phonopy： 结果显示： _ __ | |__ ___ _ __ ___ _ __ _ _ | '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_ \| | | | | |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_) | |_| | | .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_) .__/ \__, | |_| |_| |___/ 1.11.0 Crystal structure file of POSCAR (default file name) could not be found. ___ _ __ _ __ ___ _ __ / _ \ '__| '__/ _ \| '__| | __/ | | | | (_) | | \___|_| |_| \___/|_| |
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2016-11-26 15:10:07, 483.96 K
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