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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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木小默1212

金虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白质生物信息学分析 已有1人参与

我根据同源克隆得到一段DNA序列，之后将其利用软件翻译为相对应的蛋白质序列，现在想请问除了进行一般的进化树构建，多序列比对，跨膜结构预测，糖基化位点预测，CDD分析，密码子的分析，二级和三级结构的预测之外，我现在还有一下问题：


1      除了上述的相关生物信息学分析之外，还可以进行关于蛋白质或DNA的哪些生物信息学分析；



2     在进行二级结构预测的时候，如果采用PDBsum这个软件进行二级结构的预测，是否必须找到与我所得到的蛋白质大小相近的蛋白质进行二级结构预测；如果找不到与其大小相近的蛋白质，那么能否用与其大小不同但是具有同源的蛋白质进行预测，如果可以，那么得到的二级结构应该显示为与其同源蛋白质的二级结构，这样的结构图能否放在毕业论文中用以说明我的目的蛋白呢？



谢谢各位大侠！
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1楼 2016-11-23 21:06:37
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wywahh

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
木小默1212: 金币+5, ★★★很有帮助 2016-11-29 09:23:31
分子量和等电点大小、亚细胞定位，一些同源基因的结构图、这些差不多了
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2楼2016-11-28 19:36:12
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yml11

新虫 (初入文坛)
请问你做二三级结构预测是用的什么软件呢？学习一下谢谢！

发自小木虫IOS客户端
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3楼2016-12-01 08:52:21
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木小默1212

金虫 (初入文坛)
你好！我二级结构的预测用的是：
蛋白质二级结构预测（或检测）（热烈邀请大家补充）
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=593
(出处: 生物分子模拟论坛)
这里面提供了很多种方法，我试了试其中大部分的方法，你可以自己选择适合自己的。


三级结构预测的软件：
通过PHYRE 2 Protein Fold Recognition Server和伦敦帝国理工学院3D LigandSite server预测三级结构及活性中心。
三级结构的预测我还没有确定，因为我有些内容还没有做完。
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4楼2016-12-01 10:48:39
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小呀么萝卜

禁虫 (小有名气)
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5楼2018-08-24 09:07:31
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